人们发现同一时期内疟疾流行区肾脏病发病率远高于非流行区。近年来临床和组织学研究，在患者肾小球内免疫复合物中有疟原虫抗原物质，进一步证实了疟疾是产生肾脏病的重要病因。疟疾产生的肾损害可分为急性肾功能衰竭、急性可逆性肾损害和慢性进行性肾损害三类。
1.急性肾功能衰竭 急性肾功能衰竭是恶性疟的严重并发症之一，其发生率约为0.45%。恶性疟急性肾功能衰竭常为非少尿型，因此临床上易被忽视。其发病与急性血管内溶血、血容量减少、血液粘滞度增高及弥漫性血管内凝血等因素有关。其病理变化主要为远端肾小管变性和坏死，管腔内有血红蛋白管型及颗粒管型，肾间质水肿。常见的原因是急性血管内溶血(黑尿热，black water fever)，常见于恶性疟疾，先天性葡萄糖-6-磷酸脱氢酶(G-6-PD)缺乏是重要因素，疟原虫毒素释出及应用抗疟药(如奎宁与伯氨喹啉)、解热镇痛药等均为诱因。严重时患者可出现急性肾功能衰竭。
2.慢性进行性肾损害 疟疾所引起的慢性进行性肾损害，亦可在肾组织中检出疟原虫抗原。近年来认为三日疟肾病可能属自身免疫反应，早期是由循环中的三日疟抗原形成免疫复合物，或由于抗原植入肾小管毛细血管壁，与抗体相结合在原位形成免疫复合物，产生了肾脏的初期损害，进而被破坏的肾组织组织蛋白又可作为自身抗原，促使自身抗体的生成，再引起免疫复合物肾炎。三日疟流行区居民血清抗核抗体与三日疟原虫抗核抗体有交叉免疫反应。
3.急性可逆性肾损害 电镜下见电子致密沉积物，部分可找到疟原虫抗原。在免疫荧光下，可见IgM(为主)、IgG及C3在基膜内皮下及系膜区沉积。有人发现恶性疟抗原植入后，继而循环抗体与之结合，并在原位形成免疫复合物。说明在人类和实验动物的肾损害是由免疫复合物引起的。
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