胚胎学食管和呼吸道在发生过程中均起源于胚胎原肠的前肠，原始食管位于呼吸器官的后方，原肠分前肠，中肠和后肠三个部分。在早期，原肠的头侧和尾侧均闭锁，胚胎发生的第3周末，原肠头侧的咽膜破裂，使前肠与口窝相通，随着心脏向下方移位，食管的长度迅速增加，胚胎发生第21～26日，前肠的两侧呈现喉气管沟，继而上皮生长形成食管气管隔，将食管与气管分隔开，如食管与气管未完全分开，两者管腔相通则形成食管气管瘘，食管气管隔向后偏位或前肠上皮向食管腔生长过度则形成食管闭锁。
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