胚胎学食管和呼吸道在发生过程中均起源于胚胎原肠的前肠,原始食管位于呼吸器官的后方,原肠分前肠,中肠和后肠三个部分。在早期,原肠的头侧和尾侧均闭锁,胚胎发生的第3周末,原肠头侧的咽膜破裂,使前肠与口窝相通,随着心脏向下方移位,食管的长度迅速增加,胚胎发生第21~26日,前肠的两侧呈现喉气管沟,继而上皮生长形成食管气管隔,将食管与气管分隔开,如食管与气管未完全分开,两者管腔相通则形成食管气管瘘,食管气管隔向后偏位或前肠上皮向食管腔生长过度则形成食管闭锁。
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