基质性角膜炎不会遗传。疾病可分为遗传病和非遗传病两大类。遗传病是指完全或部分由遗传因素决定的疾病，常为先天性的，也可后天发病。由感染或伤害引起的则是非遗传病。基质性角膜炎属于非遗传性疾病，病因如下：
基质性角膜炎可能与细菌、病毒、寄生虫感染有关，梅毒螺旋体、麻风杆菌、结核杆菌和单纯疱疹病毒感染是常见的病因，虽然致病微生物可直接侵犯角膜基质，但大多数角膜病变是与感染原所致的免疫反应性炎症有关。本病主要发生于少年，目前国内已极罕见。结核、风湿、麻风等疾病也可波及眼部而发生角膜基质炎。
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