在咬伤或针刺或撕裂部的皮炎芽生菌病的治疗应特别注意。先用碘酊彻底清洗，再用碘仿外敷。外科手术对于大的脓肿引流或脓胸引流，修补支气管胸膜瘘及骨髓炎坏死组织的清除。
两性霉素B是对芽生菌病的有效治疗药物，应定期检查肺X线片、痰培养或视感染部位进行适当治疗。伊曲康唑可治非致命、非脑膜病型皮炎芽生菌病。也可应用氟康唑治疗。
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