由于淋球菌性结膜炎病情凶险，发展迅速，后果严重，所以应采取积极有效的治疗方法，在一般结膜炎局部抗菌药物治疗的同时，强调全身用药，以更加快速、有效地抑制病原菌。
1.全身治疗：
1.1.青霉素：淋球菌原对青霉素G敏感，但临床上耐药菌明显增多，因此需根据敏感试验结果决定是否用青霉素G。成人应用水剂青霉素G 600万～1000万U静滴，1次/d，连续5天;新生儿的用量为5万U/(kg·d)，分2次静滴，连续7天。
1.2.头孢曲松(celtriaxone)：1g/d，静滴，是临床较为推崇的抗淋球菌药物。
1.3.头孢噻肟(cefotaxime)：500mg静滴，4次/d。
1.4.大观霉素(spectinomycin)：2g，肌内注射，存在耐药性，适用于敏感菌株的淋球菌感染。
1.5.诺氟沙星(norfloxacin)：对淋球菌也有一定效果，200mg，2～3次/d，儿童不宜应用。
2.局部治疗：
2.1.清洁结膜囊：用生理盐水冲洗结膜囊非常重要，以清除结膜囊内的致病菌。开始每5～10分钟1次，逐渐减为15，30分钟1次，1天后每小时1次，数天后每2小时1次，持续2周，直至分泌物消失。冲洗时，头偏向鼻侧，以免流入对侧眼。
2.2.抗菌药物点眼：水剂青霉素G滴眼，10万～30万U/ml，或0.3%诺氟沙星滴眼液，开始时每分钟点眼1次，半小时后每5分钟点眼1次，1h后每30分钟点眼1次。病情缓解后，可适当延长点药间隔时间，每1～2小时点药1次，直至炎症消退为止，不可间断。也可应用氧氟沙星、环丙沙星眼水及妥布霉素或红霉素或杆菌肽眼膏。
2.3.如果发生角膜并发症，应按角膜溃疡治疗。
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