可行以下检查以明确诊断：
实验室检查： 选择做血、尿、便、常规生化及电解质检查。
其它辅助检查：
1、X线检查 包括腹部透视、腹部平片和消化道钡剂造影
(1)腹部透视和腹部平片：有时可见胆囊内积气健康搜索，是诊断十二指肠内瘘的间接依据但要与产气杆菌引起的气性胆囊炎相鉴别。十二指肠肾盂(输尿管)瘘时，腹部平片可见肾区有空气阴影和不透X线的结石(占25%～50%)。
(2)消化道钡剂造影：消化道钡剂造影能提供内瘘存在的直接依据，可显示十二指肠内瘘瘘管的大小、走行方向、有无岔道及多发瘘。
①上消化道钡剂造影：可见影像有：A.胃十二指肠瘘，胃幽门管畸形及与其平行的幽门管瘘管。B.十二指肠胆囊瘘，胆囊或胆道有钡剂和(或)气体，瘘管口有黏膜征象。以前者更具诊断意义此外，胆囊造瘘时不显影也为间接证据之一。C.十二指肠结肠瘘，结肠有钡剂充盈。D.十二指肠胰腺瘘，钡剂进入胰腺区域。
②下消化道钡剂灌肠：可发现钡剂自结肠直接进入十二指肠或胆道系统，对十二指肠结肠瘘健康搜索的正确诊断率可达90%以上做结肠气钡双重造影，可清楚地显示瘘管的位置，结合观察显示的黏膜纹，有助于鉴别十二指肠结肠瘘、空肠结肠瘘、结肠胰腺瘘和结肠肾盂瘘。
(3)静脉肾盂造影：十二指肠肾盂(输尿管)瘘病人行此检查时，因病肾的功能遭到破坏，常不能显示瘘的位置，但从病肾的病变可提供瘘的诊断线索;并且治疗也需要通过造影来了解健肾的功能，所以仍有造影的意义。
2、超声、CT、MRI检查 可从不同角度不同部位显示肝内外胆管结石及消化道病变的部位、范围及胆管的形态学变化，而对十二指肠内瘘的诊断只能提供间接的诊断依据。如胆道积气、结肠瘘浸润十二指肠等
3、ERCP检查 内镜可直接观察到十二指肠内瘘的瘘口，同时注入造影剂，可显示瘘管的走行大小等全貌，确诊率可达100%，是十二指肠内瘘最可靠的诊断方法。
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