被受染节肢动物叮咬之后,病毒在局部组织及局部淋巴结复制。病毒血症的发生与持续取决于神经系统外局部组织内病毒复制的程度,单核-巨噬细胞系统清除病毒的速度以及特异性抗体的出现等。
不同病毒侵犯神经系统外的部位不同。许多披膜病毒及黄病毒累及横纹肌及血管理工作内皮,而委内瑞拉吗脑炎病毒常侵及髓样组织及淋巴组织。在病毒血症期,神经系统实质细胞可被侵犯,但病毒穿过血-脑屏障的方式尚不完全清楚。可能与病毒被动地穿过血管膜以及病毒在脑毛细管内复制有关。引起血管通透性增加的因素可能促进神经系统受累。
动物实验表明,某些黄病毒是通过嗅神经上皮的途径进入中枢神经系统。
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