1.检查：
1.1.空肠黏膜活检 多块空肠黏膜活检对淋巴瘤、乳糜泻、嗜酸性胃肠炎、胶原性胃肠炎、肠淋巴管扩张症、Whipple 病等诊断有意义。
1.2.腹水检查 有腹水者可作诊断性穿刺，查腹水细胞、蛋白质、乳糜微粒、酶、恶性细胞等。
1.3.X 线检查 胃肠道X 线检查对鉴别诊断有重要意义。特别是以下X 线征：胃肠黏膜皱襞巨大肥厚(见于肥厚性分泌性胃病);吸收不良的X 线征(肠腔扩张、雪花样或羽毛样钡剂沉着，钡剂呈分节状分布，见于各种伴有吸收不良的蛋白质丢失性胃肠疾病);小肠黏膜皱襞普遍增厚(淋巴瘤、克罗恩病、原发性肠淋巴管扩张症或继发性肠淋巴管阻塞);小肠黏膜呈结节样改变后指压征(淋巴瘤、克罗恩病)。
1.4.腹部CT 扫描有助于发现肠系膜淋巴结肿大等。
1.5.淋巴管造影 经足淋巴管造影对鉴别先天性或继发性肠淋巴管扩张有很大帮助。前者可见周围淋巴管发育不良和胸导管病变，造影剂滞留于腹膜后淋巴结，但肠系膜淋巴系统不充盈;后者造影剂可反流至扩张的肠系膜淋巴管，并溢出至肠腔或腹膜腔。
2.诊断：通过放射性核素标记大分子物质消化道排泄试验，或1-抗胰蛋白酶检测可以确诊蛋白丢失性胃肠病。
3.鉴别：应与其它原因或途径引起的蛋白丢失相鉴别。
3.1.血浆蛋白消耗过多性疾病 长期发热、甲状腺功能亢进、恶性肿瘤、糖尿病等，可引起消耗过多性低蛋白血症。但各有其相应疾病的病史及临床特点，有特异的实验室等辅助检查异常。找不到血浆蛋白从胃肠道过多丢失的证据。
3.2.先天性低白蛋白血症 在儿童期就有明显的低白蛋白血症，血清白蛋白常10g/L，血沉很快，血清胆固醇很高，球蛋白正常或增高。有时还需与长期透析，多次大量抽胸、腹水，蛋白质摄入不足，大出血，大面积烧伤等导致低蛋白血症的情况鉴别。根据特有的病史，临床表现及找不到血浆蛋白从胃肠道丢失的依据而得到鉴别。
3.3.失代偿期肝硬化 有肝病史，肝脏缩小、脾肿大等门脉高压的临床表现，及肝功能异常等。这些肝硬化的特点有助于与其鉴别。
3.4.蛋白质消化吸收不良 主要见于胃大部分切除术、慢性胰腺炎及某些小肠吸收不良疾病。粪便中蛋白质及其不完全分解产物增多，常伴粪脂含量增高。胰外分泌功能试验和相应的小肠吸收功能试验有异常，找不到血浆蛋白从胃肠道黏膜过多丢失的证据。但要注意有些引起蛋白质吸收不良的疾病也可引起蛋白丢失性胃肠病，故不排除二者可同时或先后存在的可能性。
3.5.肾病综合征 肾病综合征有大量的血浆蛋白(特别是白蛋白)从尿中丢失，尿蛋白排出率3.5g/d，以白蛋白为主。血浆胆固醇增高，伴三酰甘油及低密度脂蛋白浓度增高。尿化验有红细胞、颗粒管型。还可有肾功能损害和高血压的表现。
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