诊断：采集来自阴道或阴茎的分泌物，直接涂片于显微镜下检查，可迅速作出生殖器念珠菌病的诊断，标本也可送到实验室进行培养。
具体的诊断检查方法：
1.直接镜检女性用较长的消毒棉拭子取阴道、宫颈分泌物或阴道壁上乳白色薄膜，男性刮取阴茎龟头、冠状沟或包皮处皮损表面鳞屑作为待检标本。将待检标本用10%氢氧化钾或生理盐水制片，镜下可见成群的卵圆形孢子和假菌丝，如找到较多的假菌丝时，说明念珠菌处于致病阶段，对诊断更有意义。
2.染色检查也可用革兰染色法，刚果红染色或PAS染色法染色后镜检，其阳性率均比直接镜检法高。革兰染色，孢子和假菌丝染成兰色;刚果红和PAS染色，孢子和假菌丝则染成红色。
3.分离培养有下列情况时，可考虑做念珠菌培养和鉴定以及药物敏感性试验：
(1)临床症状提示为外阴阴道念珠菌病而镜检阴性时。
(2)采用经验性治疗无并发症外阴阴道念珠菌病失败时。
(3)准备对有并发症外阴阴道念珠菌病做长期抑制性抗真菌治疗前。在无菌条件下将受检标本接种于沙氏培养基上(多采用试管法培养)。直接镜检或染色后镜检，见大量芽孢子，可初步诊断为念珠菌感染。
4.抗体检测用免疫双扩法或胶乳凝法可检出白色念珠菌抗体。
具体的鉴别症状如下：
本病主要与滴虫性阴道炎及由滴虫引起的男性非淋病性尿道炎相鉴别。
1.滴虫性阴道炎，阴道分泌物增多呈泡沫状，有时可呈浆液性或脓性，味恶臭。并可有尿道炎，膀胱炎，宫颈炎，尿道旁腺及巴氏腺感染，偶有肾孟肾炎。可出现排尿困难、血尿及夜尿。阴道检查可见宫颈充血，阴道壁充血，水肿，并有出血点，呈草莓状外观的特征性表现。可查到阴道毛滴虫。
2.男性非淋菌性尿道炎，症状较淋病轻，表现为尿道瘙痒，不适或排尿困难，可有脓性分泌物，亦可引起膀胱炎，前列腺炎或附睾炎，尿道分泌物可查到滴虫。
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