1.生殖器疱疹的诊断：HSV感染的诊断依据病史、临床表现和实验室检查结果可作出。对有不洁性交史、在生殖器部位出现皮肤红斑和原发性水疱且症状易复发者不难诊断。必要时取疱液作涂片、培养、接种和免疫荧光检查，或取血清作免疫抗体测定等，均有助于诊断和确定病毒类型。 HSV的组织病理学具有以下特征：表皮内水疱，系细胞的气球变性及网状变性所致，疱内可见棘层细胞松解及多核上皮巨细胞。真皮乳头水肿，可见血管外红细胞。真皮内程度不等的炎症细胞浸润，有中性粒细胞、淋巴细胞等。
1.1.细胞学方法：在皮损处刮片做Wright-Giemsa (Tzanck试验)或Papanicolaou染色，可检出具有HSV感染特征的巨细胞包函体，但不能与水痘，带状疱疹病毒感染区别，其敏感性仅为病毒分离的60%。
1.2.培养法：从水疱底部取材做组织培养分离病毒，为目前最敏感、最特异的检查方法，需5～10天。因其技术条件要求高，价格昂贵，故未能普遍使用。
1.3.抗体检测：目前使用最广泛的是HSV-Ⅱ抗体检测，如蛋白印迹法，也可用gD2作抗原检测HSV-Ⅱ抗体，具有敏感且能区分HSV-I和HSV-Ⅱ的优点。
1.4.基因诊断
1.4.1.用PCR分型检测单纯疱疹病毒：聚合酶链反应(polymerase chain reaction，PCR)是一种敏感性高、特异性强的快速检测方法，只要标本中含有lfg的HSV-DNA就可以将其检出。PCR在HSV感染诊断的研究中发展较快，分型检测HSV是发展的趋势。
1.4.2.套式PCR：套式PCR(nested primers-polymerase chain reaction，NP-PCR)是通过“外侧¨和“内侧”两对引物，即一对扩增较大DNA片段的“外侧”引物和一对位于扩增产物中再扩增小片段的“内侧”引物，这样两次连续放大可以提高PCR检测的灵敏度，保证产物的特异性。该方法能100%检出HSV-I，50%检出HSV-Ⅱ，但不能对HSV进行分型，应改进HSV分型检测，更好地在临床应用和在基础研究中推广应用。
1.4.3.聚合酶链反应-酶谱法：聚合酶链反应-酶谱法(polymerase chain reaction-endonucleasecleavage，PCR-FC)不仅能一次性分型检测HSV-I、HSV-Ⅱ、EBV、CMV等四种病毒，而且方法本身快速、方便、无放射线损伤，易被实验室接受。PCR-EC灵敏度高，可检出3个CFU的HSV-I，能检测出中枢神经系统感染第1天CSF中的HSV DNA，并可用于药物治疗效果的评价。由于病毒的变异性，会出现酶切点突变丢失现象，从而造成酶切阴性结果。这可以通过型特异性探针或序列分析解决。
1.4.4.RNA的聚合酶链反应：RNA的聚合酶链反应(RIA-PCR)，不仅能通过检测不同期HSV的RNA来诊断HSV感染，而且有利于HSV的潜伏期感染机制的深入研究。RNA-PCR是以RNA为模板经逆转录反应(RT)产生cDNA，再以cDNA为模板进行PCR扩增以达到检测目的。因此，RNA-PCR也可称为RT-PCR。
1.5.病理组织学诊断
细胞内水肿，基底层形成大水疱，病灶周围有多核巨细胞浸润，特别是多核白细胞与淋巴细胞充斥于病灶中间。
一般根据患者症状可疑诊该病，采集溃疡面分泌物进行显微镜检查，可以很快作出诊断。为确诊，则可将溃疡区的拭子送专门实验室进行培养，一般可在48小时内获得结果。血清试验可提示过去感染，若抗体呈不断上升趋势，可提示近期感染。
2.鉴别诊断：
2.1.梅毒硬下疳
伏期为2～4周，局部硬结、溃疡，无自觉症状，苍白螺旋体和梅毒血清反应阳性。主要表现为生殖器糜烂，无继发感染时常为单个损害、不痛，暗视野可见梅毒螺旋体，但应注意双重感染可能性。
2.2.软下疳
发病前2～5天有性乱史，损害为外阴部溃疡。基底软，伴疼痛与触痛，单侧腹股沟淋巴结肿大，有触痛，可形成溃疡并排出脓液，可检出Ducrey嗜血杆菌。溃疡与生殖器疱疹溃疡相似，但如果见红斑基础上成群的水疱则可诊断为疱疹，取分泌物行病原体检测可确定诊断。
2.3.其他皮肤病
如接触性皮炎，脓疱病、带状疱疹、白塞病，可以根据病史及检查区别。
2.4.带状疱疹
外生殖器带状疱疹的主要症状为在红斑的基础上出现群集的水疱，伴疼痛及附近淋巴结肿痛。皮疹常为多处，呈带状。起病前常有前驱症状，如神经痛、感觉过敏等。无性接触史。
2.5.固定性药疹
外生殖器固定性药疹表现为暗红斑、水疱、糜烂、渗液和灼痛。水疱多为大泡。糜烂、渗出明显。其他部位也常有同样的症状，有用药史而无性接触史。预后多有色素沉着。服同类药物可再发相同的症状。 皮损主要为暗红斑上有厚壁水疱或大疱。
此外，生殖器疱疹还应与龟头炎、接触性皮炎、白塞病鉴别。
2.6.贝赫切特综合征
首先出现口腔或外生殖器溃疡，针刺试验阳性，以后可伴虹膜睫状体炎及四肢结节性红斑。
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