1.停用抗生素：一旦诊断明确，立即停用原来用的抗生素，最常见的为氨苄西林、青霉素、头孢菌素、林可霉素(洁霉素)等。轻型病人停药后48小时，症状明显好转，7～10天治愈。严重病例需时较长。
2.单纯性腹泻患儿：无需特殊治疗，或应用调节肠道微生态药物，如双歧杆菌、乳酸杆菌制剂，使肠道内正常菌群生长即可控制临床症状。不能口服者经胃管给予或灌肠亦可达到治疗目的。对腹泻严重的患儿应注意水和电解质的平衡，需要时予以及时补液治疗。
3.抗生素治疗：一般在病情较重或停用原先使用的抗生素48小时病情无好转者，才改用其他抗生素治疗。宜口服在肠道不易吸收的且不易诱发梭状芽孢杆菌肠炎的抗生素，应用剂量要大，疗程要长，才能达到清除病原菌，防止复发的目的。针对致病菌适当口服或静脉注射抗生素。治疗中禁用抗肠蠕动药物，因其抑制肠蠕动可增加肠道中杆菌和毒素的停留吸收，使用这类药物还可诱发中毒性巨结肠。
3.1.万古毒素 在治疗难辨梭状芽孢杆菌的效果可达100%，一般用药2～4天症状即可消失。
3.2.甲硝唑 也可同时选用万古毒素。
3.3.利福平 疗程1～2周。危重病儿有中毒性肠麻痹、肠穿孔不能口服时，可选用上述药物交替静脉点滴，但任何一种药物单独静脉点滴时，均不能使结肠内药物达到足以清除病菌的浓度，一旦病情好转，应立即改为口服。
3.4.复发时的治疗 难辨梭状芽孢杆菌感染首次复发时，症状较轻者可不用药物治疗，症状严重者应继续给予甲硝唑或万古霉素治疗，但疗程应延长至14天。
3.5.口服考来烯胺 在肠道内发挥离子交换作用，能吸附肠腔内梭状芽孢杆产生的菌毒素后排出。患儿在口服万古霉素的同时可以加用考来烯胺 ，但它也能吸附万古霉素，因此，这两种药物应相隔3小时分别服用。也可口服促肠道菌群恢复的药物，如口服双歧杆菌三联活菌制剂、双歧杆菌等活菌制剂。
4.其他治疗：矫正脱水、酸中毒、输血、人血白蛋白及肾上腺皮质激素。由难辨梭状芽孢杆菌免疫牛后获得的牛乳也可用于中和肠腔内毒素。应用抗难辨梭状芽孢杆菌抗血清治疗也有效。对顽固性难辨梭状芽孢杆菌性肠炎可试用静脉注射免疫球蛋白，以中和患儿血液中的细菌毒素。
5.治疗并发症：并发肠穿孔时应及时转外科治疗。合并肾衰、休克、DIC时应及时给予相应的急救处理。
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