1.诊断：
1.1.甲状腺结核缺乏特殊的临床表现，早期诊断不易。确诊依据，具备下列3个条件中的2项时，可诊断甲状腺结核：
1.1.1.甲状腺组织切片的病理检查可清楚地见到结核结节、干酪样坏死组织、冷脓肿的形成。需要经过FNAC或手术标本的病理切片才能证实。
1.1.2.在甲状腺组织中找到结核杆菌。需要经过FNAC或手术标本的病理切片才能证实。
1.1.3.甲状腺组织以外有原发结核病灶。
1.2.初步诊断的依据：即使甲状腺结核缺乏典型的临床症状，亦有一些临床表现可作为初步诊断的依据：
Wegelin认为，在甲状腺结核的急性期，大量的胶质被正常的甲状组织合成、分泌而造成甲亢，故有甲状腺硬结合并甲亢症状时，应考虑是否有甲状腺结核的可能。
1.2.1.既往有结核病史：如淋巴结核、肺结核钙化灶、肾结核、结核性胸膜炎、骨结核等。
1.2.2.结核中毒症状：如食欲减低、盗汗、体重减轻。
1.2.3.有时可表现为甲亢或甲减。
2.鉴别：甲状腺结核临床表现缺乏特异性，加之既往无结核病史，故在未获得病理诊断前，不容易确诊。临床上需要与之鉴别的甲状腺疾病有：
2.1.亚急性甲状腺炎：称病毒性甲状腺炎，DeQuervain甲状腺炎，肉芽肿性甲状腺炎甲状腺解剖解构图或巨细胞性甲状腺炎等，系1904年由DeQuervain首先报告。本病近年来逐渐增多，临床变化复杂，可有误诊及漏诊，且易复发，导致健康水平下降，但多数患者可得到痊愈。
本病好发于女性，是病毒感染后引起甲状腺滤泡破裂，胶质溢出造成，病程较长。核素扫描可显示冷结节，难与甲状腺结核鉴别。用甲状腺素或左甲状腺素治疗后症状可缓解，且有自愈的倾向。
2.2.慢性甲状腺炎：慢性淋巴性甲状腺炎又称自身免疫性甲状腺炎、桥本氏病。是甲状腺炎中最常见的一种类型，90%的病人为女性，多见于30--50岁，但儿童少年亦可发生。本病的临床表现为：起病缓慢，病人一般无特殊感觉，常在无意间发现甲状腺肿大，一般呈弥漫性对成型肿大，亦可一侧肿大较明显，大多数病例不同，少数病例可见轻微疼痛，压迫症状多不明显，质地坚硬如触橡皮感，表面光滑，呈分叶状，往往无明显结节，与周围组织无粘连，可随吞咽动作而上下活动，早期甲状腺功能多在正常范围，少数可见轻微亢进，如精神紧张、心悸、畏热等，一般无自发缓解，随着病情进展，当甲状腺破坏达到了一定程度，半数以上患者后期可出现甲状腺功能减退症状，如怕冷、乏力、体重增加等，有些病例由弥漫性肿进展为结节性，少数晚期患者的甲状腺体内有大量纤维化形成，则坚硬如石，常与周围组织粘连，可长生进行性压迫症状，出现呼吸困难，(特别是在体力劳动时)、吞咽困难、声音嘶哑等。不易与增生型甲状腺结核鉴别。
2.3.甲状腺腺瘤或甲状腺癌：甲状腺癌转移到颈淋巴结而误诊为淋巴结核并不少见。相反，亦有颈淋巴结核与甲状腺癌同时发生，也有些甲状腺结核合并颈淋巴结核，而被误诊为癌肿。
高方报道的6例甲状腺结核均在手术前皆被误诊，其中误诊为甲状腺瘤4例，甲状腺癌1例，急性化脓性甲状腺炎1例。Rankin分析21例误诊的甲状腺结核时发现，12例误诊为毒性弥漫性甲状腺，4例误诊为甲状腺腺瘤，4例误诊为慢性甲状腺炎，1例误诊为甲状腺囊肿并出血。
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