心室间隔穿破造成急骤的血流动力学改变，严重威胁病人生命，常在发病后短期内引致死亡。起病后25%的病例于24小时内死亡，50%的病例在1周内死亡，70%于2周内死亡。发病后生存1个月以上者仅有20%。唯一的治疗方法是施行手术，缝补破口，纠正血流动力学紊乱。但手术时间的选择需权衡利弊，争议颇多。
心室间隔穿破后，缺血性坏死的心肌组织需历时6～8周方能完成纤维性愈合过程，此时施行手术由于病情已较稳定，破孔周围的纤维化心肌组织又比较牢固，持线能力较强，手术成功率较高。但大多数病例未能生存到发病后2个月。因此宜尽可能提前施行手术治疗。然而发病后早期手术，手术死亡率较高。Brandt等于1979年总结105例病人，发病后3周内施行手术者，术后早期死亡率为41%，发病后3周以上施行手术者，则术后早期死亡率仅为6%。Buckley等于1971年报道5例病人，于发病后10日内施行手术，术后4例生存。Gaudiani等总结43例病人的治疗经验，认为病人的左心室功能状态是影响术后早期死亡更为重要的因素，手术前呈现心源性休克者，早期死亡率最高。此外，高龄和心室间隔后部穿破也都使手术死亡率增高。
心室间隔穿破病情危急需尽早施行手术治疗的病例，宜插入Swan-Ganz飘浮导管，通过测定压力和血氧含量明确诊断后，立即进行主动脉内气囊反搏，暂时改善心脏排血功能，防止病情迅速恶化，并在主动脉内气囊反搏的支持下施行外科手术。
关于外科治疗的时机，目前的倾向性意见是根据病情，区别对待。一部分病例心室间隔穿破后未产生严重的血流动力学改变，表现为心排血量未明显减少，无心源性休克征象，没有肺静脉压力升高的症状，肾功能良好，尿量未减少，血液生化检查尿素氮和肌酐含量正常者，可严密观察病情，继续内科治疗，延迟到发病3周后手术死亡率降低时进行外科治疗。对于大多数心室间隔穿破病例，由于发病后血流动力学发生急骤改变，循环系统功能迅速恶化，呈现心源性休克，肺静脉压升高，肾功能减退，体液平衡失调等症状时，则必需尽早施行外科手术。虽然心室间隔穿破后早期手术死亡率较高，但只有采取外科治疗，才有可能挽救一部分病人的生命。病情发展到呈现重度休克，影响中枢神经系统，肾或其它内脏功能衰竭时，则应列为外科治疗禁忌证。
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