亚临床甲减通常无症状，然而约30%的患者表现出某些症状，仍可提示亚临床甲减的存在，如皮肤干燥(28%)，记忆力差(24%)，反应迟钝(22%)，肌无力(22%)，疲乏(18%)，肌肉抽筋(17%)，畏寒(15%)，眼睑水肿(12%)，便秘(8%)，声音嘶哑(7%)，因手术，放疗等原因所致的甲减一般无甲状腺肿大，而其他原因所致者常伴甲状腺肿大，值得注意的是，症状与甲状腺激素间存在剂量依赖效应。
1.神经行为异常和神经肌肉功能紊乱：如抑郁，记忆力下降，认知障碍和多种神经肌肉症状等在亚临床甲减患者中多有发生，还可表现为骨骼肌异常，包括血清肌酸磷酸激酶(CPK)和乳酸升高等，尽管甲状腺功能正常，亚临床甲减的孕妇的后代智力发育仍然减慢。
2.对心肺功能的影响：心肌密度测定发现心肌存在异常;静息和运动状态下，亚临床甲减患者的心肌收缩和舒张功能轻微受到影响;在运动负荷下，心输出量，大动脉最大流量等下降，肺功能测定表现为肺活量下降等，亚临床甲减对心肺功能的影响较轻微，虽然与甲状腺功能正常者相比有差异，但是重要的是，这种差异是否产生严重的临床损害。
3.心血管疾病的危险因素：由于亚临床甲减往往伴有血清总胆固醇(TC)和低密度脂蛋白胆固醇(LDL-C)升高，以及高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)降低，被广泛地认为是心血管疾病的危险因素，有研究发现，TSH水平每升高1mU/L，TC升高0.09～0.16mmol/L，而TSH与LDL-C的关系在胰岛素抵抗的患者中更加密切，亚临床甲减患者可表现为血管内皮功能异常，如血流介导和内皮依赖的血管舒张功能受损，最新的研究发现，亚临床甲减患者大动脉硬化和心肌梗死的患病率较高。
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