新生儿获得性免疫缺陷综合征不会遗传。疾病可分为遗传病和非遗传病两大类。遗传病是指完全或部分由遗传因素决定的疾病，常为先天性的，也可后天发病。由感染或伤害引起的则是非遗传病。新生儿获得性免疫缺陷综合征属于非遗传性疾病，病因如下：
母-婴感染：新生儿AIDS的发病和孕母有密切关系，因婴儿AIDS中相当一部分是通过母-婴垂直传播而获得。新生儿感染艾滋病主要来自母亲，艾滋病的母亲传播有3条途径：宫内传播、产时传播、产后传播。多数母婴传播多为宫内传播，主要经胎盘和羊水感染。科学家已经从人的脐血和羊水中分离出HIV，说明胎儿感染HIV是由母亲垂直传播的。还有一部分新生儿生后可通过感染AIDS病原体的母亲的乳汁而受染。医源性感染：(1)输血与血制品感染：Ammann等(1983)报告1例生后几天内反复接受输血与血制品的新生儿于生后6个月时出现AIDS症状，并无CMV，HDV及EBV感染的证据，经对供血员调查后发现，其中1名在供血后7个月发生AIDS，推测供血员系病原体携带者，且表明血制品的输入或输血可传播AIDS。(2)注射器及针头感染：新生儿，婴儿还可因多次静脉注射，经注射器及针头等方式受染。
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