1.细菌 以大肠埃希杆菌较为常见，致病性大肠埃希埃希杆菌(EPEC)，产毒性大肠埃希杆菌(ETEC)和出血性大肠埃希杆菌(EHEC)都曾发生过新生儿流行性腹泻，尤以EPEC是常见的病因，流行性强，有时可引起整个病区婴儿腹泻的流行，甚至传至院外，引起整个地区婴儿的流行，流行开始的第1例，多来自孕母分娩前后的腹泻，或宫颈存在大肠埃希杆菌，新生儿在分娩过程中得到感染，也可能在分娩后从母亲处得到感染，于生后1～6天发病，先传给婴儿室中附近的新生儿，范围逐渐扩大成为流行，另一种传播方式是曾与流行性腹泻的新生儿有过直接或间接接触，或从工作人员的手或带菌者间接感染到疾病，但尚在潜伏期，作为正常婴儿出院，回家后不久发生腹泻，被送至另一医院的新生儿病室，引起该病室的腹泻流行。
鼠伤寒沙门菌也是流行性腹泻的重要病原，鼠伤寒菌分布广泛，对人和某些动物都可引起疾病，病愈后带菌率又高，因此细菌来源多，发病率高，腹泻的流行常来自孕妇或工作人员的带菌者或患者，有报道工作人员的鼻腔也可带菌，经手的媒介传给新生儿，因此在鼠伤寒发病率高的地方要特别注意新生儿腹泻的流行，新生儿感染沙门菌后带菌率比儿童或成人要高，因此新生儿患者腹泻控制后要多次作大便培养，至少连续3次阴性后方可出院。
其他一些细菌，如空肠弯曲菌，耶尔森菌，产气单胞菌，铜绿假单胞菌，金黄色葡萄球菌，志贺菌，产气杆菌，嗜盐菌等也可引起新生儿腹泻。
2.病毒 轮状病毒是引起新生儿流行性腹泻的最常见病原之一，主要经粪口途径传播，健康成人可作为带毒者，已感染的新生儿也是重要感染原，轮状病毒在环境中较稳定，不易自然灭活，可通过护理人员传播，也有报道轮状病毒可经过呼吸道，胎盘传播，但大便中找到轮状病毒，不可即认为是腹泻的病原，因正常大便中也可找到该病毒，在流行中如大部分患儿大便中轮状病毒的核苷酸或基因构形相同，方可认为是流行的病因，柯萨奇病毒，埃可病毒，肠道腺病毒等也可引起新生儿流行性腹泻。
3.真菌 长时间使用抗生素可继发真菌感染，以白色念珠菌较多见。
4.寄生虫 滴虫，梨形鞭毛虫，隐形孢子虫等也可引起新生儿流行性腹泻。
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