1.诊断：各种肠炎可根据粪便的特殊表现，空肠活检结果以及证明有PAS阳性的细胞颗粒，诊断时要排除其他特异性肠炎。
2.鉴别诊断：
2.1.肠型Behcet病：肠型Behcet病主要表现为肠道的浅表溃疡，出现腹痛，腹泻甚至脓血便等表现，易发生口腔溃疡，关节炎，血栓性血管炎，多形性皮肤病变，生殖器溃疡等，眼部主要表现为全葡萄膜炎，视网膜炎和视网膜血管炎，这些表现在炎症性肠道疾病时也可出现，但在Behcet病口腔溃疡发生率很高，并易引起阴部溃疡，其典型的全葡萄膜炎和视网膜血管炎有别于炎症性肠道疾病的前葡萄膜炎，此外不少患者皮肤过敏反应性试验阳性，这些都有助于二者的鉴别，在鉴别有困难时，可行内镜检查，活组织检查和X线检查，以明确诊断。
2.2.肠结核：肠结核可以引起葡萄膜炎，但此种炎症多为肉芽肿性炎症，脉络膜受累时可出现脉络膜肉芽肿，在视网膜可引起渗出性视网膜炎，大范围的视网膜炎和视网膜静脉周围炎，这些与炎症性肠道疾病引起的非肉芽肿性前葡萄膜炎不同，此外，虽然肠结核可以影响胃肠道任何部位，但它很少累及结肠，组织学检查发现干酪样坏死性肉芽肿，肉芽肿有融合倾向，周围可看到淋巴细胞环，溃疡性结肠炎则不出现肉芽肿改变，Crohn病虽然可引起肉芽肿，但发生率低，且均为非干酪样坏死性肉芽肿，活组织检查及抗酸染色，结核菌素试验，胸部X线检查等都有助于鉴别。
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