1.检查：符合传染科流行性乙型脑炎实验室检查。
1.1.脑脊液：压力增高，白细胞增高，多在50-500×106/L。抗乙脑IgM抗体阳性。
1.2.乙脑病毒分离：从脑脊液、或脑组织、或血清分离乙脑病毒阳性。病原学或血清学检查检验获阳性结果。
1.3.智力测验和神经心理测验对确定痴呆程度，揭示神经心理损害的性质和程度，均有帮助。
1.4.进一步检查包括常规实验室检查，与可疑病因有关的特殊检查,如脑电图、超声脑扫描、颅骨X射线摄影、计算机断层脑扫描、头部磁共振等。
2.诊断：根据流行病学资料、临床症状和体征以及实验室检查结果的综合分析进行诊断，但确诊则需要依靠抗体检查或病原分离。
在乙脑流行区居住，在蚊虫叮咬季节发病或发病前25天内在蚊虫叮咬季节到过乙脑流行区。急性起病，发热头痛、喷射性呕吐、嗜睡，伴有脑膜刺激症状。实验室检查可见脑脊液压力升高，白细胞升高，补体结合试验、血清抗体试验呈阳性等。
3.鉴别：
3.1.有明显精神症状者，应与精神分裂症等功能性精神病相鉴别。鉴别点主要是有无躯体症状和体征，意识障碍的程度等。成人以人格改变为主，儿童多见智能改变、行为改变等。精神症状均出现前，有明确的传染病感染史。
精神分裂症是一种精神科疾病，是一种持续、通常慢性的重大精神疾病，是精神病里最严重的一种，是以基本个性，思维、情感、行为的分裂，精神活动与环境的不协调为主要特征的一类最常见的精神病。
3.2.与其他脑器质性疾病相鉴别：
3.2.1.意识障碍的鉴别：意识障碍是指人对周围环境以及自身状态的识别和觉察能力出现障碍。一种以兴奋性降低为特点，表现为嗜睡/意识模糊/昏睡直至昏迷;另一种是以兴奋性增高为特点，表现为高级中枢急性活动失调的状态，包括意识模糊/定向力丧失/感觉错乱/躁动不安/言语杂乱等。流行病学特征、临床表现及实验室检查，可区分出不同脑器质性疾病所出现的意识障碍。
3.2.2.和甲型脑炎鉴别：甲型脑炎临床上首先出现的是嗜睡表现，有些患者在工作和进餐时表现为昏昏欲睡的样子，有些患者表现为行为异常。这些异常的行为有时会误诊为精神异常，所以在尚未出现典型临床表现和确诊之前，患者往往看精神科医生。除此以外，患者也会被误诊为癫痫和癔症。
3.2.3.帕金森综合症，是发生于中年以上成人黑质和黑质纹状体通路变性疾病。甲型脑炎帕金森综合征较多见且较严重，并可有短暂的恶化。乙型脑炎时帕金森综合征较轻，震颤、自主神经症状、瞳孔障碍等症状较少，好转的趋势也较明显。另外人格的变化，乙型脑炎和甲型脑炎有所不同，乙型脑炎一般为非进行性的，而且较轻。以上的差别主要由于在甲型脑炎中黑质的病变较乙型脑炎严重且呈进行性。此外，乙型脑炎后遗症中，严重智能障碍较为多见，张口反射、强握反射等原始动作也常见，瘫痪、舞蹈症在乙型脑炎中更多见。而甲型脑炎后遗智能障碍程度较轻，多为中度或轻度。
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