病变部位在间脑，从而引起发作性症状，但是病变并非累及整个间脑。 间脑包括丘脑、丘脑上部。丘脑底部、丘脑下部，后者是植物神经中枢。下丘脑毛细血管网丰富，但血脑屏障结构不健全，毛细血管通透性较脑的其它部位高，对缺氧、感染、中毒、外伤及颅内压增高均较敏感，易产生水肿、炎症及出血等病变，这些均可成为间脑癫痫的病理学基础。仅少数原发性间脑癫痫有家族史。继发性间脑癫痫的病因为各种脑炎、脑瘤、寄生虫、颅脑外伤、脑血管疾病、中毒、变性、代谢障碍及高热等。
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