虽然寨卡病毒患者本身症状不重，但需要警惕的是，在疫情最严重的巴西等国，还观察到新生儿小头畸形的数量明显增加，格林—巴利综合征等其他神经系统疾病也有较明显上升。世界卫生组织等组织都建议，孕妇不要前往疫情地区，因为孕妇感染寨卡病毒病，可能会导致婴儿产生小头畸形症等先天缺陷。
减少寨卡病毒感染来源(去除和改造滋生地)以及减少蚊虫与人的接触可减少感染发生。当前往已经出现寨卡病毒疫情的地区旅行时也可征求当地卫生部门的意见。
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