普通型和轻型疱疹性咽峡炎呈自限性，以对症治疗为主，重症病例应及时就诊给与有效治疗。
一般治疗
隔离2周，避免交叉感染；注意休息，保持室内清洁及空气流通；清淡饮食，应进流食或半流食，饮食应少食多餐；口腔护理，饭后淡盐水 或生理盐水漱口，低龄患儿可以用生理盐水擦拭口 腔；发热患儿衣被不宜过厚，多饮水，保持皮肤清洁，勤监测体温，以便采取必要的治疗措施；进食困难及高热不退的患儿应适当补液，以防止出现脱水及电解质紊乱；密切观察病情变化，注意并发症的发生。
对症治疗
控制高热，体温38.5℃以上者，物理降温可使用减少衣被、适当降低环境温度、多饮水等方法，冰袋、酒精擦浴、温水擦浴已不推荐，亦可遵照医嘱给予退热药物乙酰氨基酚或布洛芬等药物降温。止惊治疗，发生高热惊厥病例需要及时止惊治疗，可首选咪达唑仑缓慢静脉注射，在无静脉通路时可选择咪达唑仑肌肉注射，也可使用水合氯醛灌肠抗惊厥。
药物治疗
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。尚无特效抗肠道病毒药物。不应使用阿昔洛韦、更昔洛韦、单磷酸阿糖腺苷等药物治疗疱疹性咽峡炎。不推荐使用抗菌药物，若CRP升高或复查CRP不降反升、发热时间长（≥ 4 d）的患者考虑合并细菌性感染可能性大，可酌情给予抗生素治疗。
抗病毒药物治疗（不推荐）阿昔洛韦：为一种无环的嘌呤核苷酸类似物，进入疱疹病毒感染的细胞后，与脱氧核苷竞争病毒胸腺激酶或细胞激酶，药物被磷酸化成活性阿昔洛韦三磷酸酯，后抑制病毒复制。
更昔洛韦：是抗病毒药物，在细胞内能转化成三磷酸型活性物，抑制DNA多聚酶，渗入柯萨奇病毒DNA，终止其延伸，抑制其复制。
伐昔洛韦：是阿昔洛韦与L-缬氨酸形成的酯的盐酸盐，是阿昔洛韦的前提药，进而发挥抗病毒作用。
双嘧达莫：通过抑制二氧嘧啶核苷、腺苷及脱氧胞嘧啶等进入细胞内，从而选择新抑制病毒RNA合成。
其他抗病毒类：西地碘含片、碘甘油、干扰素（注意INF-α喷雾或雾化有一定疗效：INF-α是皮肤黏膜局部抗感染免疫的关键调节因子，黏膜给药可发挥局部抗病毒和免疫调节作用。局部用药使用便捷，儿童易接受，安全有效）、阿糖腺苷、聚肌胞等。
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