主要包括抗病毒治疗和针对性的后遗症治疗及预防。对免疫功能正常的无症状或仅轻度症状患儿无需抗病毒治疗。抗病毒治疗对免疫抑制者是有益的，主要应用指征包括：符合临床诊断或确定诊断的标准并有较严重或易致残的HCMV疾病包括间质性肺炎、黄疸型或瘀胆型肝炎、脑炎和视网膜脉络膜炎（可累及黄斑而致盲），尤其是免疫抑制者如艾滋病患者。移植后预防性用药。有中枢神经损伤（包括感音神经性耳聋）的先天感染者，早期应用可防止听力和中枢神经损伤的恶化。
急性期治疗
发病初期主要针对患儿出现的临床症状进行对症治疗，如营养支持、脏器保护等，一旦获得病毒学活动性感染证据，需展开针对性的抗病毒治疗。
一般治疗
如肝炎时降酶、退黄、护肝治疗；肺炎有呼吸困难时给予氧疗等；注意防治二重感染。免疫功能健全患者经过有效对症处理，常可使疾病恢复，对于有先天性缺陷者则恢复困难。
药物治疗
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。主要应用抗病毒治疗，患者可在医生指导下使用以下药物进行治疗。
更昔洛韦（GCV）为首个获准应用的抗HCMV药物，迄今仍为首选。需静脉给药，大部分以原药形式从肾脏排出。若诱导期疾病缓解或病毒血症/尿症清除可提前进入维持治疗；若诱导治疗3周无效，应考虑原发或继发耐药或现症疾病为其他病因所致；若维持期疾病进展，可考虑再次诱导治疗；若免疫抑制因素未能消除则应延长维持疗程，采用口服更昔洛韦或缬更昔洛韦，以避免病情复发。用药期间应监测血常规和肝肾功能，若肝功能明显恶化、血小板和粒细胞下降≤25×109/L和0.5×109/L或至用药前水平的50%应停药。
缬更昔洛韦（VGCV）为GCV缬氨酸酯，口服后在肠壁和肝脏代谢为活化型GCV，生物利用度62.4%。2001年获准用于18岁以上AIDS患者HCMV视网膜炎的治疗。在先天感染新生儿的Ⅱ期临床研究显示，单剂16mg/kg与静脉用6mg/kg更昔洛韦等效。
膦甲酸钠（foscarnet sodium，FOS或PFA）儿童一般作为替代用药，特别是单用GCV仍出现疾病进展时，可单用或与GCV联用。维持期间疾病进展，则再次诱导或与GCV联用。
手术治疗
该疾病一般无需手术治疗。
中医治疗
目前中医药治疗巨细胞病毒感染有一定疗效，但尚无客观标准的治疗原则。建议到正规医疗机构，在医师指导下治疗。
其他治疗
免疫球蛋白或CMV免疫球蛋白，可用于高危移植患儿的预防治疗。
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