该病治疗以调整饮食、预防和纠正脱水、合理用药、加强护理、预防并发症为主。急性腹泻注意维持水电解质平衡。迁延性及慢性腹泻应注意肠道菌群失调及饮食疗法。不建议自行使用抗生素及止泻药。
急性期治疗
饮食疗法：腹泻时进食和吸收减少，仍应继续饮食，满足生理需要，补充疾病消耗。尽快恢复母乳及原来已经熟悉的饮食，由少到多，由稀到稠，喂食与患儿年龄相适应的易消化饮食。病毒性肠炎有可能出现继发性双糖酶（主要是乳糖酶）缺乏，对疑似病例可以改喂淀粉类食品，或去乳糖配方粉。腹泻停止后逐渐恢复营养丰富的饮食，并每日加餐1次，共2周。纠正水、电解质紊乱及酸碱失衡轻度可口服补液盐，重度脱水时需要静脉补液。
补钙、补镁治疗：补液过程中如果出现惊厥、手足搐搦，可能由低钙引起，需要静脉输液补充葡萄糖酸钙。在补钙后手足搐搦不见好转反而加重时要考虑低镁，需肌肉注射补充硫酸镁。
一般治疗
监测各项生命体征是否平稳，如体温、心率、精神反应、皮肤弹性、尿量等。保证足够热量供应，这对促进肠黏膜损伤的修复、胰腺功能的恢复、微绒毛上皮细胞双糖酶的产生等是必要的措施。确诊食物过敏引起腹泻的患儿需回避过敏食物。双糖不耐受患儿需采用不含乳糖配方奶等。
要素饮食：是肠黏膜受损患儿最理想的食物，是由氨基酸、葡萄糖、中链甘油三酯、多种维生素和微量元素组合而成。需要医生根据患儿临床状态决定使用的浓度和用量。在医生指导下补充微量元素和维生素。
药物治疗
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。补液治疗口服补液适用于预防脱水和治疗轻度、中度脱水。从患儿腹泻开始，需保证足够的液体以预防脱水，口服补液盐，每次稀便后补充一定量的液体直至腹泻停止。
轻至中度脱水：口服补液盐的用量（ml）=体重（kg）*（50~75），4小时内喝完。4小时后评估脱水情况，调整补液方案。婴儿建议选择口服补液盐Ⅲ，可以少量多次给予。静脉补液重度脱水患儿应采用静脉补液的方式进行补液。控制感染水样便腹泻一般不用抗生素。如果伴有明显中毒症状不能用脱水解释者，尤其重症患者、新生儿、小婴儿和衰弱患儿应选用抗生素治疗。黏液脓血便患者多为侵袭性细菌感染，应根据临床特点，针对病原经验性使用抗菌药物，再根据大便细菌培养和药敏试验结果进行调整。
肠道微生态疗法益生菌口服，如双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、枯草芽孢杆菌等，有助于恢复肠道正常菌群的生态平衡。对于急性水样腹泻，推荐布拉酵母菌、鼠李乳杆菌；对于抗生素相关性腹泻，推荐布拉酵母菌。
常见药物有：双歧杆菌三联活菌散，布拉氏酵母菌散。
注意事项：因益生菌药物多为活菌制剂，建议在冰箱冷藏，溶解时的水温不宜超过40℃。因药物会相互作用，可能会减弱疗效，益生菌应和抗菌药、铋剂、药用炭、酊剂等分开服用；常见的如蒙脱石散建议间隔两小时，抗生素建议间隔1小时。
肠黏膜保护剂能够吸附病原体和毒素，维持肠道功能，增强肠道的屏障功能。
常用药物：蒙脱石散。
使用方法：将1袋（3g）倒入50ml温水中，搅匀后快速服用。儿童用量根据年龄有所不同。
注意事项：可能会出现轻度便秘；急性腹泻服用本品1天后、慢性腹泻服用2~3天后症状未改善，建议咨询医生。
抗分泌治疗可以抑制肠道水、电解质的分泌，可用于治疗分泌性腹泻。
常用药物：消旋卡多曲，能明显缩短急性水样性腹泻患儿的病程。
使用方法：用量需根据孩子体重计算。
注意事项：不可连续服用超过7天；可以和食物、水和母乳一起服用，但需要溶解混合均匀。不可与红霉素、酮康唑、利福平等药物同用。
补锌治疗急性腹泻患儿可以在医嘱指导下口服补锌。小于6月龄的患儿，每天补充元素锌10mg，大于6月龄的患儿，每日补充20mg，推荐补充10~14天。
常见补锌药物：硫酸锌、葡萄糖酸锌。避免使用止泻剂，如洛哌丁醇，因为它抑制胃肠动力的作用，增加细菌繁殖和毒素吸收，对于感染性腹泻有时很危险。即使怀疑为细菌性腹泻时，不首先推荐使用抗生素。药物治疗需要在医生的指导下使用。
手术治疗
该疾病一般无需手术治疗。
中医治疗
中医辨证论治可能有良好疗效，可配合中药、推拿、捏脊等。
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