肛门闭锁是胚胎发育早期出现异常的结果，病因尚不明确，可能与遗传因素有关。
基本病因
肛门闭锁大多是在胚胎第4～8周时，由于尿生殖隔在向泄殖腔移行受阻所致，是一种常见的消化道畸形，占消化道畸形的首位，多数学者认为该病与遗传因素有关。
诱发因素
妊娠早期的病毒感染、接触有害化学物质、环境污染及营养缺乏等因素或可诱发该病。
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