肛门闭锁的预后取决于肛门周围肌肉和直肠的发育程度，以及采取的手术方式。低位肛门闭锁及瘘一般术后排便控制功能较好，手术技术要求不高。除少数病情较轻的临床类型外，多数未经治疗者，可于7～10天以后死亡。
康复
患儿经手术治疗后需行肛门局部功能锻炼，进行排便训练。
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