颅颈发育异常患者预后与分类、神经功能损伤症状的轻重、年龄、基础情况等密切相关。一般而言，神经功能损伤轻的患者预后较神经功能损伤重的患者；青壮年、一般情况良好患者预后较老年人、基础疾病较多患者预后好。颅颈发育异常患者多不能自行愈合，一旦确诊，需至正规医院诊治，拖延或忽视病情可能会导致病情加重和错过较佳治疗时机。
后遗症
神经功能损伤/缺失神经细胞为非再生细胞，其损伤分为以下几个过程：水肿；可逆性损伤；非可逆性损伤；凋亡。颅颈发育异常可对神经组织造成压迫，进而由于缺血等原因导致神经组织损伤。治疗的目的为尽早复位颅颈交界区骨性结构畸形，解除脊髓压迫。因而，治疗前症状较重的患者，治疗后可遗留四肢麻木无力、大小便失禁等神经功能损伤症状。颈部运动受限为维持颅颈交界区的稳定性，常需行枕颈内固定融合术术，会导致患者术后颈部低头、抬头或颈部旋转受限。手术疤痕术后刀口处可遗留手术疤痕。康复患者术后积极的主动和被动康复锻炼、针灸等对神经功能康复具有积极意义。此外，我们还需关心患者的心理康复，保持良好的身心具有重要意义。因此，我们建议如果条件允许，术后患者尽可能行专业的康复治疗以促进患者神经功能康复。
并发症
螺钉置入后松动、脱落或断钉多为行复位固定术后螺钉抗复位剪切力较大或骨融合不良造成，处理时需要根据实际情况选择合适的翻修术式。
出现持续性颅底陷入：出现持续性颅底陷入，需仔细寻找病因，根据病因予相应治疗。若为颅底软骨发育不良而出现的颅底继发性陷入，可先尝试牵引治疗；若为颅颈交界区稳定性因素出现持续性颅底陷入，应维持颅颈交接区稳定性，必要时再次行手术治疗。后颅窝大骨窗减压后症状加重：因为枕骨失去锚定点，需密切观察患者病情，必要时行翻修手术。椎动脉损伤后出血或缺血颅颈发育异常患者，其椎动脉的走行亦常常出现复杂变异。此外，术中我们常需牵开椎动脉以暴露寰枢椎关节后缘，这进一步增加了术中椎动脉损伤的发生率。术中损伤椎动脉，特别是优势椎动脉，术后可导致患者出现后循环缺血，可出现为头晕、行走不稳等小脑梗塞症状。
脑脊液漏：患者术中出现脑脊液漏常会增加颅内感染等的风险。当前路手术术中发生脑脊液漏时，则更为复杂棘手。一旦发生脑脊液漏要给予抗菌素预防感染，必要时行腰大池置管引流。此外，患者还有可能出现颅内感染、呼吸困难、肺部感染、吞咽困难、深静脉血栓形成、舌下神经损伤等并发症。
复发：颅颈发育异常患者患者术后可因钉棒断裂等原因而出现寰枢椎脱位复发，因此，患者术后需规律复诊。一般而言，对于术后复位满意患者，我们提倡于术后3个月、6个月、1年需复诊，若患者恢复良好，则每年复诊一次。对于继发性颅颈发育异常患者，术后需积极治疗原发病的同时，积极复诊，其复诊时间需根据其实际情况制定。
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