该病治疗以缓解症状、防止复发、改善生活质量为主。总体上来说，需根据病因、疾病类型采用综合治疗：
功能性消化不良：改善生活习惯，根除幽门螺杆菌，抑酸药，促胃肠动力药，精神心理治疗。
肠易激综合征：调节饮食，对药物的选择应因人而异，对症处理。根据腹泻、便秘或腹痛、腹胀等表现选择对症治疗药物。
功能性便秘：泻药、促胃动力药、微生态制剂，清洁灌肠，生物反馈治疗等。
常用的药物治疗主要包括抗酸剂、促胃肠动力药、导泻药、止泻药、抗抑郁药、抗幽门螺杆菌药物等。各项常用治疗手段效果不佳时可增加精神社会学的支持。
一般治疗
帮助患者认识、理解病情，改善生活习惯，避免烟、酒、咖啡及非甾体类抗炎药。避免个人生活经历中会诱发症状的食物。尽量少食多餐，避免一次大量进食。
药物治疗
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
促胃动力药可改善与进餐相关的上腹部症状，可缓解腹胀、早饱、嗳气等症状。常用药有多潘立酮、莫沙必利、伊托必利及西尼必利。少数患者有腹鸣、稀便或腹泻、腹痛等不良反应，减量或使用一段时间后不良反应可减轻。
抑酸药质子泵抑制剂和选择H2受体拮抗剂适用于非进餐相关消化不良中上腹痛、烧灼感为主要症状者。
解痉药常用药有匹维溴铵、曲美布汀，用于调节肠道运动。
止泻药常用药有洛哌丁胺，不良反应有便秘、腹胀等。谨慎选用，该药物需在医生指导下使用。
导泻药或促泌剂常用的温和缓泻药有乳果糖。
益生菌可减少内脏高敏性和炎症反应。抗抑郁药二线治疗药物，常用的有三环类如阿米替林，五羟色胺再摄取抑制药如氟西汀。主要用于经治疗效果欠佳且伴随精神症状明显者，但需主治医生评估后使用。
抗幽门螺杆菌药物幽门螺杆菌（Hp）根除治疗一般采用三联或四联治疗，不推荐单种药物治疗，目前主要推荐质子泵抑制剂（PPI）+铋剂+两种抗生素的四联疗法，推荐的疗程为10天或14天。
中医治疗
针灸能改善部分患者症状和焦虑抑郁状态，按摩推拿可促进胃肠蠕动，改善便秘症状。
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