治疗的总目标是去除病因，控制症状，预防复发和避免并发症。
一般治疗
生活方式的改变有助于胃食管反流病症状的控制，但是单纯生活方式的改变，无法治愈胃食管反流病。改变生活方式包括：严格控制体重，戒烟，戒酒，规律饮食，抬高床头，避免睡前进食，避免食用可能诱发反流症状的食物（如咖啡、巧克力、辛辣或酸性食物、脂肪含量高的食物等）。
药物治疗
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
抑制胃酸治疗：组胺H2受体拮抗剂作用于胃酸分泌的其中一个步骤，抑酸效果不及质子泵抑制剂，常用的药物包括雷尼替丁、法莫替丁、西咪替丁等。
质子泵抑制剂较强的抑制胃酸分泌的作用，常见药物包括艾司奥美拉唑、奥美拉唑、兰索拉唑、雷贝拉唑、潘妥拉唑及艾普拉唑等。我国专家共识（2014年）及诸多国外指南，均推荐将质子泵抑制剂（PPI）定为首选药物，疗程8周。通常PPI的抑酸作用在数日内即可发挥，但由酸反流引发的食管对胃酸的反流高度敏感则需抑酸治疗8周，甚至12周，因此治疗需要一个有效的时段方能显现效果。如经足够长疗程的治疗而症状并没有缓解，请就诊，医生会考虑药物抑酸不充分，可能会加大剂量或换用其他PPI。
促动力治疗：促动力治疗非胃食管反流病的主要治疗，部分患者合并胃排空障碍，胃的容受性受损，此时可加用促动力药物，如多潘立酮、莫沙必利、伊托必利及西尼必利等作为抑酸药物的补充。
黏膜保护剂：仅用于症状轻、间歇发作的患者临时缓解症状，这类药物包括铝碳酸镁、海藻酸钠及硫糖铝等。
抗焦虑抑郁药：部分患者合并不同程度的焦虑或抑郁，表现为紧张、睡眠障碍等，可在常规药物上加用抗焦虑抑郁药物。
手术治疗
若患者确诊胃食管反流病，抑酸药物治疗有效但不愿意长期服药，或者合并食管裂孔疝导致症状反复可考虑行手术治疗。食管外症状如反流性咳嗽、反流性哮喘、反流性胸痛等，目前尚未能明确其手术治疗的效果，因此需谨慎选择手术。目前手术方式包括腹腔镜下胃底折叠术及内镜下抗反流手术。
腹腔镜下胃底折叠术对于明确胃食管反流病的患者，临床研究证实腹腔镜下胃底折叠术的长期疗效与药物治疗相当。
内镜下抗反流术主要有射频治疗（Stretta procedure）、注射或植入技术和内镜腔内胃食管成形术3类。Stretta射频治疗是一种针对胃食管反流病的内镜下微创治疗方法，在胃镜的引导下将一根射频治疗导管插入食管，将射频治疗仪电极刺入食管下括约肌和贲门肌层，多层面、多点对胃食管结合部位进行烧灼。通过热能引起组织破坏、再生，诱导胶原组织收缩、重构，并阻断神经通路，从而增加食管下括约肌厚度和压力，减少一过性下食管括约肌松弛，以达到改善反流症状的目的。近期疗效明确，缺乏远期疗效观察。
内镜下注射治疗是在内镜下用注射针于食管下段——贲门局部黏膜下注射生物相容性物质或硬化剂，以增加食管下括约肌（ LES）压力，达到抗反流的目的。注射疗法效果不明确，目前应用较少。内镜腔内胃食管成形术目前方法较多，常用的经口内镜下胃底折叠术，疗效明确，但远期疗效缺乏观察。此外，近年来还有内镜下抗反流黏膜切除术、腹腔镜下磁环植入术等，有待进一步观察其疗效。
中医治疗
胃食管反流病的中医病理机制为胃失和，一些中医治疗在促进肠胃蠕动、肠胃排空、止呕、止痛方面效果良好，可在正规医院的中医师指导下接受治疗。
其他治疗
心理治疗胃食管反流病是一种慢性疾病，长期的不良心理状态会加重疾病的发生、发展，形成一种恶性循环。因此心理治疗是该病治疗不可忽略的一部分。心理治疗包括纠正患者错误的认知、使患者增强对疾病的了解，正确调控身体的反应和情绪行为，使患者的疾病症状及情绪体验得到改善，鼓励患者面对疾病等。主要目标是消除患者的不良心理，使患者情绪变得积极、健康，而使治疗过程顺利，促进患者早日恢复健康。
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