基本病因。炎症性肠病是一组慢性非特异性的肠道炎症性疾病，病因至今尚未完全明确，与环境、遗传及肠道微生态等多因素相互作用导致肠道异常免疫失衡有关，其发生主要与下列因素有关：
环境因素 ：近几十年来，全球炎症性肠病的发病率持续增高，这一现象首先出现在经济社会高度发达的北美及欧洲。近十多年我国发病率明显增多，这一疾病谱的变化，提示环境因素发挥了重要作用，但具体因素不明。
遗传因素 ：发病具有遗传倾向。病人一级亲属发病率显著高于普通人群，单卵双胞显著高于双卵双胞。虽然在白种人中发现某些基因（如 NOD2/CARD/5）突变与炎症性肠病发病相关，目前尚未发现与我国发病相关的基因，反映了不同种族、人群遗传背景不同。
肠道微生态：病人的肠道微生态与正常人不同，用转基因或敲除基因方法造成免疫缺陷的炎症性肠病动物模型必须在肠道微生物存在的前提下才发生炎症反应，抗生素治疗对某些炎症性肠病病人有效等，说明肠道微生物在炎症性肠病的发生发展中起重要作用。
免疫失衡：各种因素引起 Thl、Th2 及 Thl7 炎症通路激活，炎症因子（如 IL-1、IL-6、IL-8、TNF a、IL-2、IL-4、IFN-y 等）分泌增多，炎症因子/抗炎因子失衡，导致肠道黏膜持续炎症，屏障功能损伤。
危险因素年龄：全年龄阶段都可以发生，但是年龄20 ~ 30 岁的人群高发。
种族：该病在任何种族中都可发生，在白人中发生的风险相对更高。家族史：如果父母、兄弟姐妹等近亲存在炎症性肠病，本人患该病的风险会增加。
吸烟：可能会增加克罗恩病的发生风险，但调查研究显示溃疡性结肠炎可能有一定的保护作用，不过吸烟引起的其他危害可能远超过其对溃疡性结肠炎的保护价值。
非甾体抗炎药：如布洛芬、双氯芬酸等，可以引发炎症性肠病或加重疾病病情。
环境与饮食：如居住在工业化国家和地区，长期食用西餐或深加工食品可能增加炎症性肠病的风险。放疗、抗生素使用可能会增加风险。
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