炎症性肠病是一种慢性病，可以治疗，但不可治愈。其治疗原则取决于病变范围和病变程度，主要包括诱导缓解及维持治疗。治疗目标是诱导并维持临床缓解以及黏膜愈合，防治并发症，改善患者生命质量，加强对患者的长期管理，目前以药物治疗为主。
药物治疗
氨基水杨酸类药物：可用于轻、中度的溃疡性结肠炎患者，以及病情轻且病变局限的克罗恩病患者，在疾病活动期和缓解期均可使用。常用药物主要包括 5-氨基水杨酸和柳氮磺吡啶，后者的不良反应相对较多。
糖皮质激素：主要用于疾病活动期时中重度患者，以及氨基水杨酸类药物治疗 2 ~ 4 周后效果不佳的患者，但不可作为疾病缓解期的维持治疗。此外需注意，糖皮质激素在停药时，应先逐渐减少剂量，避免过快停药导致疾病复发。若患者因长期使用激素而出现了骨质疏松，可积极补充维生素 D 和钙剂。
免疫抑制剂：因药物起效慢，主要用于疾病缓解期时的维持治疗，疗程一般不少于 4 年。如适用于氨基水杨酸类药物效果不佳者；或存在激素依赖，即激素治疗一段时间后减少剂量或停用时，疾病恶化或复发者；或症状反复发作者。常见药物主要包括硫唑嘌呤和巯嘌呤等，如果患者出现了不良反应，且不能忍受时，可换用甲氨蝶呤。该药的不良反应主要为长期服用会导致贫血、感染等，故用药时需定期监测全血细胞，以便及时发现和预防不良反应。治疗的第 1 个月内，每周查 1 次；第 2 ~ 3 个月内，每 2 周查 1 次；之后每月查 1 次；半年后，根据实际情况可适当延长检查时间。
生物制剂：当上述药物均无效或不能耐受时，可使用生物制剂治疗，如英夫利西单克隆抗体，能够诱导缓解者，可用于维持疾病缓解。
抗感染治疗：对于因疾病本身或长期使用糖皮质激素，继发感染的患者，应积极使用抗生素，如环丙沙星等，进行抗感染治疗。
缓解症状的治疗：如对于腹泻严重的患者，可适当使用地芬诺酯等止泻药；对于腹痛严重的患者，可使用抗胆碱能药物，如洛哌丁胺等。而重度溃疡性结肠炎的患者应禁用以上药物，以免导致结肠扩张。
手术治疗
手术治疗无法根治疾病，主要用于缓解症状及并发症治疗，提高患者生活质量。溃疡性结肠炎常用的手术方式为回肠袋-肛门吻合术，指在小肠末端造一个口袋，然后将这个口袋连接在肛门上，进行这种手术的患者可以正常排便。患者也可选择回肠造瘘术，指在腹部开一个口，然后将小肠末端直接提到腹部开口处，将粪便通过腹部开口收集到袋子中，进行这种手术的患者需要随身携带废物收集袋，用于粪便的收集。克罗恩病常用的手术方式为切除病变的肠道，再将两边的正常肠道连接在一起。手术方式并不能根治疾病，而且术后复发率高，需结合药物治疗进行预防。
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