甲状腺功能减退的预后取决于是否进行适当的激素替代治疗，合适剂量的激素治疗预后良好，可恢复正常生活状态。得不到及时治疗可能引起多组织黏液性水肿，如心包积液、腹水，甚至发生黏液水肿性昏迷、血脂异常，还可增加心血管疾病的发病风险。治愈性因甲状腺被破坏而发生甲状腺功能减退（甲减）者，通常需终身左甲状腺素（L-T4）治疗，无法治愈；若是由药物或炎症引起的暂时性激素分泌减少，有甲状腺功能彻底恢复正常的可能；自身免疫性甲状腺炎所致甲减，多数需终身治疗，但也有自发缓解的报道。
危害性未能及时有效治疗的患者，可能会出现多组织黏液性水肿，如心包积液、腹水，甚至发生黏液水肿性昏迷、血脂异常，还可增加心血管疾病的发病风险。严重性本病轻者可仅有实验室检查结果异常，随着疾病进展，可累及全身多脏器和系统，引起可逆性的病变，严重者可危及生命。
并发症未经诊治的甲状腺功能减退会影响心脏、神经、生殖系统，发生心力衰竭、抑郁症、周围神经病变、不孕不育、出生缺陷等并发症。当发生黏液性水肿昏迷时，若不及时抢救将危及生命。甲状腺肿原发性甲减时，为了升高体内甲状腺激素，甲状腺收到持续刺激以释放更多激素，可能会导致腺体变大，称为甲状腺肿。肿块较大时会影响吞咽或呼吸。心血管疾病甲状腺功能减退可能会引起血脂异常，增加心血管疾病的风险。甲减还可造成心包积液、心脏功能减退等。精神健康问题如抑郁症，可能与甲状腺功能减退导致的神经兴奋性下降有关。周围神经病变可能在受影响的区域引起疼痛，麻木和刺痛。黏液性水肿昏迷是甲减的严重状态，多由感染等因素诱发。除有严重的甲状腺功能减低表现外，还可能出现低体温、嗜睡、意识不清甚至昏迷，最终可能导致多器官功能障碍综合征和死亡，其病死率可达20%。
及时识别诊断、积极去除诱因、甲状腺激素治疗和其他支持措施至关重要。影响健康生育低水平的甲状腺激素会干扰排卵，从而影响生育能力。此外，甲状腺功能减退的一些原因，如自身免疫性疾病，也可能会影响生育能力。未经治疗的甲减女性所生的婴儿出生缺陷的风险更高，也更容易出现严重的智力障碍和发育问题。
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