起因于牙根感染、牙髓坏死，进而根尖形成肉芽肿或脓肿，以后上皮细胞长入其内作为衬里而形成囊肿内膜，病牙根尖突入囊肿腔内。囊壁为结缔组织构成，上皮为鳞状上皮。囊液黄色浆液性或粘液性，含胆固醇结晶。囊肿继发感染则纤维化。
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