1.诊断检查：两性畸形的诊断过程是性别鉴定和病因鉴别诊断过程，需确定的内容和程序包括：
1.1.遗传性别;
1.2.性腺性别;
1.3.内、外生殖器解剖结构;
1.4.有无性激素合成酶缺陷;
1.5.睾丸雄激素和垂体促性腺激素的分泌功能;
1.6.靶组织对雄激素的敏感性等。
2.临床诊断步骤：
2.1.有诊断意义的病史 母亲妊娠史及妊娠前3个月药物或疾病史，家族中不明原因的围生期和新生儿死亡史、间性新生儿史或不育史。
2.2.性征检查
2.2.1.性腺触诊：在阴囊或大阴唇内及沿睾丸下降途径上行至腹股沟外环口触诊有无性腺。有性腺触及而外生殖器对称可能为男性假两性畸形，不对称者可能为混合性性腺发育不良性真两性畸形。未能触及性腺者可能是男性伴双侧隐睾和尿道下裂，或是女性假两性畸形。
2.2.2.外生殖器：对有尿生殖窦并与尿道分别开口者，应明确是盲端的阴道或是真性阴道开口。男性假两性畸形阴道浅、呈盲端、无子宫颈可见;女性假两性畸形或真两性畸形有子宫颈/子宫。阴蒂肥大严重者可极似阴茎伴完全性尿道下裂，大阴唇融合和阴囊分叉也可类似，故在病因诊断上无鉴别意义。
2.2.3.子宫触诊：新生儿期经肛查可触及子宫，对女性假两性畸形诊断有意义。
2.3.实验诊断：
2.3.1.遗传性别鉴别：染色体核型分析及Y物质鉴定。
2.3.2.MIF测定：MIF提示胎儿时睾丸功能，正常青春期时仍可检出。阴性者男性可有Muller管结构存留。
2.3.3.类固醇激素和垂体-肾上腺轴功能检查：类同醇激素合成通路异常或雄激素代谢作用异常所致男性或女性假两性畸形，类固醇激素测定对鉴别缺陷阶段必不可少，包括基础值、兴奋试验和抑制试验。
2.3.4.垂体-性腺轴功能检查：性腺发育不良者2岁前和青春期或其后有血LH、FSH增高。对间性者为了解有无功能的睾丸组织及其睾酮合成能力可进行HCG兴奋试验，多在剖腹探查前进行。
2.3.5.雄激素敏感试验：协助诊断雄激素不敏感综合征及特发性小阴茎，亦可为间性者选择男性性别的可能性提供参考。肌注丙酸睾酮25mg，每3周1次，共4个月，如阴茎能较治疗前增长2. 5cm可除外雄激素抵抗。
2.3.6.影像学检查
超声、CT或MRI检查：了解有无子宫或性腺(卵巢或未下降的睾丸)以及尿道情况，但对混合性性腺发育不良者不能分辨卵巢或未下降的睾丸。了解肾上腺或肾脏形态学变化是与肾上腺肿瘤鉴别的重要手段。
逆行尿生殖窦造影：膀胱镜经尿生殖窦开口插入确定阴道状况、有无子宫颈及尿道开口部位，并可作逆行造影明确内生殖管道解剖结构。
2.3.7.剖腹探查或腹腔镜检查：对临床不能扪及性腺者是必要步骤，可查清腹内Muller管结构及作性腺活检。
2.4.分类检查：
2.4.1.女性假两性畸形(female pseudohermaphroditism)：实验室检查血雄激素、尿I7酮、ACTH和17a羟孕酮含量增高，血雌激素、FSH降低，目前已知肾上腺皮质生物合成酶至少有7种以上，以21-羟化酶缺陷最常见，几乎占本病95%，其他ll-羟化酶及3β-羟甾脱氢酶缺乏也可见到。孕妇孕期服用具有雄激素类药物，如人工合成孕激素、达那唑或甲睾酮等均有不同程度雄激素作用，孕期服用或服药过程中受孕，可导致女胎外生殖器男性化，但程度较先天性肾上腺皮质增生轻。
2.4.2.男性假两性畸形(male pseudohermaphroditism)：完全性雄激素不敏感综合征 血睾酮、FSH、尿17酮均为男性正常值，血LH较正常男性高，雌激素略高于正常男性。
3.鉴别诊断：
3.1.女性假两性畸形单纯从外生殖器难以确定性别，染色体组型亦为46XX健康搜索，与真两性畸形表现相似但24h尿17-酮类固醇及孕三醇增高，B超、CT检查常可见双侧肾上腺增大或有占位。
3.2.男性假两性畸形单纯从外生殖器难以确定性别与真两性畸形表现相似。但5α-二氢睾酮偏低，性腺活检只有睾丸组织，无卵巢组织。
3.3.克氏综合征只从外生殖器难以确定性别，与真两性畸形表现相似。但染色体组型为47XXY，性腺活检只有睾丸组织，无卵巢组织。
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