家族性慢性良性天疱疮不是遗传病，但是具备遗传倾向。遗传倾向即有遗传的可能性，父母遗传给下一代的不是疾病的本身，而是遗传容易发生家族性慢性良性天疱疮的体质，即遗传易感性。遗传是发病的一个重要重要原因，但不是因素。具体病因如下：
家族性慢性良性天疱疮的基因连锁分析证实该病缺陷基因位于3q21-q22，可能是由于桥粒芯糖蛋白、桥粒斑蛋白和斑珠蛋白等桥粒蛋白的基因突变，导致桥粒蛋白减少或结构异常，造成角质形成细胞之间粘附障碍，引起表皮在摩擦或感染后发生棘层松解。摩擦、细菌、酵母菌及某些病毒感染都是本病的诱发因素。
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