潜伏期最短6周，最长2年。HPV感染大体上可分为黏膜表面感染和皮肤感染。临床表现则多种多样，可无症状，或产生可察觉到的良性疣，或可转为侵人性肿瘤。常见的临床表现如下：
1.皮肤疣：
主要有以下3种。
1.1.跖疣：跖疣即发生在足部的寻常疣，多侵犯青年和成人。外伤和摩擦可为其发病诱因，足部多汗与跖疣的发生也有一定的关系。初起时为一帽针大小的角质性突起，逐渐增大到直径2mm—lcm或更大的淡黄色或黄褐色胼底斑块，表面角化，粗糙不平，灰褐、灰黄或污灰色，呈圆形.境界清楚，中央微凹，边缘绕以稍高的角质环。刮削其表面角质层.则可见角层与疣的环状交界线.中心可见点状出血。好发于足跟、跖骨头或趾间受压处。有时可在胼胝的基底上发生，一般单侧发生，数目不定。有时可在一较大的疣体周围出现数个小的卫星疣，亦可相互聚集或融合成一角质斑块，如用刀刮去角质斑块，可见数个角质软芯，特称为镶嵌疣。自觉症状有明显触压痛。病程呈慢性经过，可自然消退。
1.2.寻常疣：寻常疣界线清楚.突出皮肤，高度角化，表面粗糙，质地硬固，呈灰褐色或正常肤色，初起为针尖大小的丘疹，渐渐扩大到豌豆大或更大。继续发育呈乳头样增生，周围无炎症。初发时多为单个，可长期不变，但亦有因自身接种而逐渐增多至数个或数十个，有时数个损害可融合成片，一般无自觉症状，偶有压痛，摩擦或撞击时易出血。好发于手背、手指、足、甲缘等处。后者称为甲周疣(periungual wart)，有触痛，易致破裂而感染。也可发生于手掌和足底，但很少发生在黏膜。
寻常疣的特殊类型有：
1.2.1.丝状疣(filiform wart)，好发于颈部、眼睑、额部等处。常单发。疣体呈细长丝状突起.顶端角化。一般无自觉症状，若发生在眼睑，可伴发结膜炎或角膜炎。
1.2.2.指状疣(digitatewarts)，亦多见于头皮，也见于面部、趾间，疣体表面呈参差不齐的指状突起，其尖端为角质样物质，数日多少不等。
1.3.扁平疣：扁平疣(verrunca plana)又称为青年扁平疣，主要侵犯青少年。大多骤然出现，从米粒大到黄豆大小，呈圆形、椭圆形或多角形，扁平轻度突起的丘疹。表面光滑，质硬。浅褐色或正常肤色.数目较多，多数密集，偶可沿抓痕分布排列成条状。一般无自觉症状，偶有微痒、出血、疼痛(当表面受压或受摩擦时)，但极少见到疣的癌变。好发于颜面、颈部、前臂和手背等处。有时伴发寻常疣，喉部乳头瘤。病程慢性，自行消退，也有经数年不愈者。愈后不留瘢痕，可复发。
2.生殖器疣：
生殖器疣(genital warts)又称尖锐湿疣(condylomata acuminatum)、性病疣(veneralwarts)，是由HPV引起的皮肤黏膜良性新生物，主要经性接触而传播。多发于年轻人.男女均易感。病变通常生妊于黏膜和皮肤变界的部位，病毒在易感细胞极内复制。引起细胞增生。本病可自然消退，但可复发。近年来发现有些病例可发展成宫颈癌。
生殖器疣发生的潜伏期长短不一，估计为1—8个月，平均3个月，并有显性感染、亚临床感染和潜伏感染。
2.1.显性感染：可见明显的疣状赘生物，呈肉色至灰色，高度角化，既附着于皮肤。更常见附着一个软的宽的蒂上。病变从平滑、珍珠样到边缘很不整齐、表面凹凸不平、互相重叠。形如乳头状、蕈状、菜花状及鸡冠状。质地柔软，触之易出血，表面湿润。大小自不足lmm到2cm不等。可融合成大的团块。易发生糜烂、渗液，带有恶臭等。男性好发于龟头、冠状沟、包皮内侧、包皮系带、尿道口及阴茎部。同性峦者好发于肛刷及直肺部。女性者多发于大小阴唇、阴道、会阴、宫颈、肛周、肛门直肠、尿道甚至腹股沟等生殖器以外的部位。初发时为少数微小淡红色丘疹，逐渐增大增多。表面常因摩擦破裂靡烂并继发感染。韧起常无症状，继之可出现患处瘙痒、疼痛、烧灼感，女性患者白带增多，甚至血性白带、恶臭乳计样分泌物。与淋病、滴虫、真菌同时存在。妊娠期病损数量或大小会增加.以致影响分娩。分娩后常减轻或消失。1%一25%的患者尿道发生损害，在翻转尿道口或用窥镜检查则清晰可见，但病损不会深入尿道3cm以外，膀胱及其近端尿道一般无损害。同性恋患者肛门周围病损远较异性恋患者患病率高。
大多数生殖器疣可白行消退，但不进行治疗，病程可迁延、反复，少数还可能恶变。
2.2.亚临床感染：近年来由于HPVl6和18型感染增多.田此亚临床感染病例增加。病变可波及阴茎、外阴、阴道、宫颈、尿道和膀胱、肛门和肛门周围等部位，疣多无蒂、扁平状、体积较小。阴道病变则为上皮隆起的粗糙的微乳头(结节状)集中在毛细血管袢上，称穗状湿疣(spiked condy lomas)。另一种表现为无隆起的扁平的皮损，即非特定的内皮瘤形成。男性患者在阴茎上发生此种病变为突出表皮疣的两倍，可分布于包皮和阴囊。直径很小，也可大至lcm，圆形，呈棕色至暗蓝色的无蒂丘疹，分布于男性和女性外阴.甚至侵及肛门、直肠、尿道等处。
2.3.潜伏感染：无症状也无肉眼可见的病变，常用核酸杂交或PCR技术检测HPV DNA方能确诊：据报道.正常妇女感染HPV可高达70%，在正常的新生儿包皮中也能检查到这种病毒。
3.呼吸道乳头状瘤：
呼吸道乳头状瘤是一种良性肿瘤，主要见于幼儿，可发生在喉部。喉乳突状瘤生长迅速，病变发展快，严重影响通气，出现声音嘶哑及哮吼。需及时进行外科切除，以免窒息。病变常蔓延达气管或肺部，同样引起呼吸道阻塞，肺部进一步有继发性感染时易发生呼吸窘迫症。在成人，易转变成癌。呼吸道乳头状瘤由HPV-6和HPV-ll引起。
4.疣状表皮发育不良症：
疣状表皮发育不良症(EV)是一种少见的终生性皮肤病。它起病于婴儿或儿童时期，特点是顽固性、传播性、扁平疣样的皮肤病灶，或表现为不同颜色的皮肤斑点。EV是一种多因素引起的疾病，除特异性的HPV感染外，还涉及遗传、免疫和其他内部因子。有些人认为EV是一种上皮发生的先天性缺陷。也有人认为EV是一种全身性疣的特殊形态。
5.间变性丘疹病(Bowenoid Papulosis.BP)与鲍温病(Bowe’s disease)：
间变性丘疹病是一种多病灶的良性斑丘疹样病变，组织学上似原位癌的特征，但临床表现大部分是良性的。BP与鲍温病的不同之处在于：BP为多病灶性的，常发生于肛、阴部及脚部皮肤，患者较年轻(平均26岁)，而鲍温病患者多在50岁以上。多年来BP的病原一直不清，有人从12例BP的活检组织中提取DNA与HPVll、16进行杂交.发现所有的组织均与HPVl6杂交。此外，HPV6基因组也在BP中发现.速均提示HPV可能是BP病原。在鲍温病患者中检出HPVl6及其他类型(HPV5、8)的HPV.提示鲍温病也可能与HPV有关。
6.癌前病变及生殖道恶性肿瘤：
高危型的HPV主要是16、18、3I和33等型，可引起生殖道感染.多年后可发生生殖道上皮瘤样变。如宫颈、外阴及阴茎上皮瘤样变，有些最后发展为恶性肿瘤。如宫颈上皮瘤样变逐渐加重发展为官颈癌。巨型尖锐湿疣实质上是一种疣状癌，常好发于男性龟头包皮上，其损害可向深部穿透，产生根多瘘管通向尿道，然后从瘘管中排出脓液及尿液。
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