肛瘘不会遗传。疾病可分为遗传病和非遗传病两大类。遗传病是指完全或部分由遗传因素决定的疾病，常为先天性的，也可后天发病。由感染或伤害引起的则是非遗传病。肛瘘属于非遗传性疾病，病因如下：
肛门直肠周围脓肿破溃或切开多在肛门外,脓液从外口流出,但原发感染多在肛窦肛窦则是继发感染的门户,反复感染,形成瘘道瘘道多在肛门括约肌之间通过,由于括约肌经常不断地收缩与舒张,压迫瘘道,影响脓液的排除,容易贮脓感染而难以愈合肛门直肠周围脓肿破溃后,脓液排出,脓腔逐渐缩小,外部破溃口和切口也缩小,腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁,或瘘道弯曲、或有窦、分支,引流不通畅,脓液潴留,反复感染,或肛门静脉回流不畅,局部经常淤血,组织营养不良，或结核杆菌、放线菌等感染所形成的脓肿,克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘
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