1.诊断检查：
1.1.影像学表现：PCJ肺炎在HIV阳性和HIV阴性患者中的共同表现是弥漫性的实质性肺疾病表现。肺部出现毛玻璃影或结节影表现，并且不是按照肺的解剖区域分布。在HIV阳性患者还可出现肺叶浸润影、气胸、肺不张、结节影，甚至胸腔积液。
1.2.耶氏肺孢子菌肺炎的实验室检查：很多实验室检验项目已经进行了评估，并建议用于临床考虑为疑似PCJ肺炎患者的检查。间接检查，如肺功能检测及血清LDH检查可用于患者的病情评估，但确诊性检查仍然需要从患者组织中或肺泡液中鉴定出该微生物。鉴定该微生物需要采用银染色方法、免疫荧光染色法或吉姆萨(Giemsa)染色法。PCJ可以从患者痰液中(约50%)、BALF(约95%以上)或经支气管镜肺活检组织中(约95%以上)鉴定出来。在HIV阳性患者中该微生物的负荷量往往很高，因而诱导痰标本检验是一种切实可行的初始检验方法。在HIV/PCJ患者，动脉血气分析可作为一种预测性指标使用，帮助确定患者是否需要联合应用肾上腺皮质激素治疗。
2.鉴别诊断：在免疫抑制患者中可发生多种感染性疾病及炎症性疾病，PCJ感染是其中的一种。在这些患者中，推定为普通细菌性肺炎的诊断及治疗(明显的细菌性肺炎例外)可能造成治疗延误及出现令人遗憾的治疗结果。
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