1.临床表现：在非HIV患者中，PCJ感染呈一种暴发性的发病过程，表现为突然出现的发热、咳嗽及呼吸困难。临床症状通常发生在患者使用的肾上腺皮质激素正在减量的过程中，这可能与对已存在的该微生物所引起的炎症反应的抑制作用减弱有关。在HIV阳性患者，临床症状的出现通常比较缓慢，经历数周到数月逐渐呈现各种症状。患者可有咳嗽、发热及呼吸困难，但由于HIV阳性和HIV阴性患者的病程非常不同，以至于从临床上来看，两者像是发生了两种完全不同的疾病。
2.病程/预后/并发症：PCJ肺炎是一种严重疾病，具有很高的死亡率。对于HIV阳性且因PCJ肺炎需要机械通气的患者，具有高达60%的死亡率—如此高的死亡率足以引起临床医生的极大重视，而且需要给予患者一段时间的加强护理。从该病中存活下来的HIV阳性患者可能会遗留肺不张及其他结构性的肺损害。因PCJ肺炎接受治疗的患者，无论HIV阳性和HIV阴性，需要同时使用大量的药物联合治疗，这样可能导致在维持药物及抗感染药物之间发生相互作用。
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