程度差别很大，因此临床表现多种多样，且轻重不一。轻者1～2周恢复，重者可持续数周或数月，甚至致死或致残。大多病毒性脑炎患儿先有全身感染症状，继而出现神经系统症状。
1.前驱症状：
急性或亚急性起病，病毒性脑炎的表现有发热、头痛、流涕、倦怠等上呼吸道感染症状;呕吐、纳呆、腹痛、腹泻等消化道症状;皮肤黏膜疱疹、关节痛、肌痛、眼结膜炎等。
2.神经系统症状体征：
2.1.意识障碍：为病毒性脑炎的特征性表现。轻者无意识障碍，病毒性脑炎的表现为精神萎靡，重者可出现不同程度的意识障碍、精神症状和异常行为。也可表现为精神异常、兴奋不安、幻觉、错觉等。
2.2.颅内压增高：病毒性脑炎主要表现为头痛、呕吐、血压升高、心动过缓、婴儿前囟饱满等，病理征和脑膜刺激征均可阳性。严重时出现去皮质状态或去大脑强直，甚至出现脑疝，危及生命。
2.3.惊厥：常出现全身性或局灶性抽搐。婴幼儿多见惊厥发作，常以面肌、肢体局部抽搐为多见，或在局灶发作基础上出现全身抽搐。
2.4.局灶性症状体征：病毒性脑炎的症状如肢体瘫痪、失语、脑神经障碍等。一侧大脑血管病变为主者可出现小儿急性偏瘫;小脑受累明显时可出现共济失调;脑干受累明显时可出现交叉性偏瘫和中枢性呼吸衰竭;后组脑神经受累明显则出现吞咽困难，声音低微;基底神经节受累明显则出现手足徐动、舞蹈动作和扭转痉挛等。亦可有下丘脑症状，大汗淋漓等。
2.5.其他系统症状：单纯疱疹病毒脑炎可伴有口唇或角膜疱疹，肠道病毒脑炎可伴有心肌炎和不同类型的皮疹，腮腺炎脑炎常伴有腮腺肿大等。
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