小脑扁桃体下疝畸形不会遗传。疾病可分为遗传病和非遗传病两大类。遗传病是指完全或部分由遗传因素决定的疾病，常为先天性的，也可后天发病。由感染或伤害引起的则是非遗传病。小脑扁桃体下疝畸形属于非遗传性疾病，病因如下：
一类是子宫内脑和神经系统发育障碍，部分神经元的产生、移行和组织异常导致出生后颅骨、神经组织及覆盖被膜畸形和精神发育迟滞，小脑扁桃体下疝畸形的主要原因可能为遗传性。另一类是胎儿分娩时产伤窒息所致，由于头部遭受过度挤压或较长时间缺氧，导致脑组织损伤和发育异常。
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