新生儿衣原体感染不会遗传。疾病可分为遗传病和非遗传病两大类。遗传病是指完全或部分由遗传因素决定的疾病，常为先天性的，也可后天发病。由感染或伤害引起的则是非遗传病。新生儿衣原体感染属于非遗传性疾病，病因如下：
新生儿衣原体感染主要是出生时通过产道感染，部分可通过胎盘或胎膜感染胎儿。与新生儿感染较密切的是沙眼衣原体。
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