伴高IgM性联免疫缺陷是遗传病，完全由遗传因素决定是否发病。伴高IgM性联免疫缺陷遗传方式如下：
伴高IgM性联免疫缺陷的病因与本病为X-连锁显性遗传，亦可为罕见的常染色体隐性遗传。此症是由于X染色体上CD40L基因缺陷所致。CD40L为在活化的CD4T细胞上表达的39kDa的蛋白，负责传导相应的接触信号给表达CD40的细胞，如B细胞、单核细胞、树突状细胞、上皮细胞、内皮细胞和成纤维细胞。此症中活化的CD4T细胞不表达CD40L，不能诱导B细胞进入增殖，致B细胞lg类别转换障碍及T细胞、单核细胞功能障碍，使lgG、IgA、IgE类抗体明显降低或缺乏，IgM抗体产生过多，IgD正常或增多。
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