1.诊断检查：
当突然出现高热或持续高热，白细胞升高，而缺乏食管炎症状时，应考虑有急性念珠菌性食管炎的发生。Kadsi等将本病分为4级：I级为稍高出黏膜的白斑约2mm大小，周围黏膜充血，无溃疡形成;Ⅱ级为多发性白斑、黏膜充血水肿显著，仍无溃疡形成;Ⅲ级白斑融合成片状、结节状合并食管溃疡;Ⅳ级黏膜变脆，合并食管狭窄。
2.辅助检查：
2.1.实验室检查 化验常可发现末梢血中性粒细胞减少。
2.2.食管X线钡餐造影 对诊断有一定的帮助，主要病变在食管的下2/3，可表现为蠕动减弱或弥漫性痉挛。食管黏膜粗乱、不规则或呈颗粒状，宛如钡剂内混有多数微小气泡。在晚期病例，黏膜呈现结节状.使钡柱外观如卵石样，颇似食管静脉曲张。有时可显示溃疡之龛影。在慢性病例，炎症向管壁深层发展，可造成节段性狭窄，甚至酷似食管癌。但食管钡餐造影正常并不能排除念珠菌性食管炎。
2.3.上消化道内镜检查 是主要的诊断方法。镜下可见食管黏膜呈现充血、水肿、触之易出血，黏膜表面有多数片状或弥漫性白色伪膜，擦掉伪膜可显示糜烂面与出血，有时可见溃疡。通过内镜可做涂片在显微镜下找真菌或做真菌培养。黏膜活检可见黏膜表面及固有层内有真菌芽胞和菌丝、炎性肉芽肿。
2.4.血清学检查 测定患者血清凝集素试验滴度有2/3患者高于1：160，有一定诊断价值。用放免及酶联法检测血清中甘露聚糖抗原(念珠菌细胞壁上的多糖)，用琼脂凝胶扩散和反向免疫电泳检测念珠菌抗体，在已感染患者血清中抗原及其抗体滴度有1/3迅速升高，但现应用较少。
3.鉴别诊断：
3.1.食管静脉曲张
绝大部分患者有门脉高压原发病的表现，最常见症状为慢性肝病的临床表现，如乏力、食欲不振、腹胀、肝区不适等症状。可见肝病面容、黄疸、血管痣、脾肿大、腹水等体征。食管x线钡餐检查可见食管下端黏膜皱襞增粗、纡曲或呈蚯蚓状和串珠样充盈缺损。内镜下可见黏膜下蓝色纡曲扩张的血管。
3.2.食管癌
食管癌患者多为中老年患者，表现为进行性吞咽困难、消瘦，x线钡剂造影检查可见病变食管段充盈缺损、管腔狭窄、管壁僵硬、溃疡龛影和梗阻;内镜检查可发现溃疡、结节状或菜花样肿物，活组织病理检查可发现肿瘤细胞。
3.3.病毒性食管炎
病毒性食管炎多发生于病毒流行期间，食管X线钡餐检查发现食管黏膜有散在浅表溃疡，内镜下可见有典型的钻孔样溃疡，疱疹病毒补体结合实验阳性。
3.4.反流性食管炎
黏膜糜烂溃疡者有时与反流性食管炎难以鉴别。主要依靠活组织检查及细菌学检查，内镜细胞学刷检涂片或病理学活榆找到念珠菌酵母及酵母样菌。反流性食管炎具有典型的胸骨后疼痛及灼热感，多发生于餐后。
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