志贺菌病以结肠黏膜的炎症及溃疡为主要病理变化，临床上志贺菌病的症状可见急起畏寒高热、腹痛，腹泻、排脓血便及里急后重等。终年散发，夏秋季可引起流行。志贺菌借助穿透肠壁、形成肿脓和浅的溃疡而引起发病。症状出现于受染后1～4天。幼儿起病突然、伴有发热、不安静或嗜睡没有食欲、恶心和呕吐，腹泻、腹痛和胀气，在解便时疼痛，3日内出现脓血和粘液大便，排便次数迅速增加达每天20次以上，重症患者体重下降和出现脱水表现。
然而，成人病例可没有发热，志贺菌病的表现为大便最初亦常无血和粘液。疾病可由腹痛、坠胀发作开始，解出成形大便后疼痛暂时缓解，发作的频度和严重程度反复加重，腹泻变成严重的稀或水样大便，带有粘液、脓、常常还有血。
罕见情况下，疾病以解清水或混浊水样便突然起病，偶然也可以血便骤然发病。呕吐很常见并很快引起失水，严重的失水能导致休克和死亡，仅见于已有慢性病的成人和2岁以下的儿童。
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