病理生理一些内分泌激素或药物、食物可影响LES，使其张力下降引起烧心，如胰泌素、胆囊收缩素、多巴胺、咖啡、巧克力等；胃酸、胆汁和胰液都可反流至食管引起烧心；吸烟时，由于尼古丁可使LES松弛，也能引起烧心。
目前，功能性烧心的病理生理机制尚不清楚。目前认为与酸反流、食管的高敏感性和心理等因素有关。
功能性烧心患者虽然无病理性反流，但其在生理性反流时即可出现症状，这说明酸反流在烧心症状的发生中起重要作用。
正常人虽然存在生理性反流，但不会出现烧心、胸痛等反流症状，而功能性烧心患者在生理性反流时即可出现症状，这表明患者的食管可能对腔内各种刺激处于高度敏感的状态。
一项对此类患者进行食管气囊扩张试验的研究发现，功能性烧心患者感知气囊扩张和感到不适的食管内气囊容量显著低于对照组，同时也低于病理性反流者。这表明功能性烧心患者食管的敏感性较高。
心理因素对功能性烧心患者症状的发生亦有影响，但目前对心理学特征尚缺乏详尽的了解。有研究提示，情绪上的应激变化可通过大脑边缘系统和下丘脑使自主神经功能发生变化，并通过内分泌、免疫系统、酶系统和神经递质的中介作用引起食管和胃的功能失调。
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