1.诊断检查：隐性菌血症的诊断依靠血液的细菌培养，故当初次诊察病儿时，无确切的方法作出明确诊断。培养通常需要24~48小时才会出现阳性，标本常被皮肤细菌所污染。目前所用的方法，如红细胞沉降率，C反应蛋白，对于临床诊断尚未达到足够敏感。非特异性试验可以帮助确定某一特定小儿患隐性菌血症的危险性。大多数菌血症小儿白细胞升高，因此白细胞计数是比较敏感的指标，但是，只有10%左右的病儿白细胞计数>15X109 /L(15000/μl)，因此特异性较差。急性反应因子，如血沉，C反应蛋白只有微弱的意义，尿液检查每个高倍镜视野的白细胞不足5个，而且缺少亚硝酸盐和白细胞酯酶，则有助于排除尿路感染。危险因素，例如年龄为1~24个月，体温在38.5℃以上，白细胞计数升高超过15000/μl,杆状核超过 5000/μl及尿检异常，综合考虑可能对诊断有帮助，但最多只能对10%~25%的隐性菌血症婴儿作出诊断，已有各种临床评分法，比如罗切斯特(Rochester)标准，适用于对婴儿严重细菌感染低度危险的评估。
2.鉴别诊断：隐性菌血症应与脓毒血症，新生儿脓毒血症和败血症休克相鉴别。
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