肩关节类风湿性关节炎不是遗传病，但是具备遗传倾向。遗传倾向即有遗传的可能性，父母遗传给下一代的不是疾病的本身，而是遗传容易发生肩关节类风湿性关节炎的体质，即遗传易感性。遗传是发病的一个重要重要原因，但不是因素。具体病因如下：
肩关节类风湿性关节炎的病因及发病机理肩关节类风湿性关节炎的病因迄今不明。据流行病学调查，内分泌、代谢、营养以及地理、职业及精神社会因素等，都可能影响疾病的进程，但不是RA的直接原因。目前较公认的观点是，RA为多种因素诱发遗传易感机体的自身免疫反应而产生的疾病。微生物感染亦与肩关节类风湿性关节炎的发生有密切的联系。如65%～93%的RA患者血清中可检出EB病毒核心抗体，而患者体内培养的B淋巴细胞，经EB病毒转化后可产生RF。其他还有I型人类T细胞白血病病毒、疱疹病毒、风疹病毒、细小病毒、支原体、结核杆菌及奇异变形杆菌等。目前认为某些微生物对RA易感者的高免疫反应与发病有关。肩关节类风湿性关节炎有遗传倾向，同卵双生子共同患病率为34%，而异卵双生子为3%。有RA史的家族成员发病率高于对照组的2～10倍。肩关节类风湿性关节炎属于自身免疫性疾病目前已获公认。但在早期阶段这种自身免疫反应的过程仍不清楚。有多种学说阐述发病机理，其中以分子模拟学说，局部组织的MHCⅡ类分子过度表达学说较为流行。
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