肾交叉性异位不会遗传。疾病可分为遗传病和非遗传病两大类。遗传病是指完全或部分由遗传因素决定的疾病，常为先天性的，也可后天发病。由感染或伤害引起的则是非遗传病。肾交叉性异位属于非遗传性疾病，病因如下：
肾脏交叉异位发生的确切原因尚不清。Wilmer认为可能是脐动脉的异常，产生一种压力阻碍了肾脏向头侧迁移，从而转向阻力较小的对侧，Poter等人认为是输尿管芽游走到了对侧的缘故。Cook和Stephens则推测胚胎在发育过程中，其尾侧发生异常的转位，从而引起泄殖腔及Wolffian管结构的位置发生异常，可能是一侧输尿管芽跨过中线，进入对侧中肾胚基，或在肾上升过程中肾脏和其输尿管转位到对侧后，肾组织的融合发生在其仍在真骨盆内并在其向头侧移位之前，或同时发生或在其上升的后期发生，融合的程度取决于发育的肾原基相互之间的靠近程度。
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