此瘤呈良性经过，若将肿瘤完整切除，预后良好，但近来亦有报道术后复发者。国内也有报道发生转移的恶性中胚叶肾瘤。其组织象与良性者相似，所以仅从组织学上去判断其良、恶性是困难的，主要依靠有无邻近脏器的侵犯和转移。恶性及良性中胚叶肾瘤即使累及全肾，仍可存留许多肾小球及肾小管，肿瘤在肾内主要为沿肾单位间蔓延的生长方式，是这种肿瘤独特的生物学行为，不见于肾脏的其他肿瘤中。治疗为单纯性瘤肾切除。
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