小肠细菌过度生长综合征不会遗传。疾病可分为遗传病和非遗传病两大类。遗传病是指完全或部分由遗传因素决定的疾病，常为先天性的，也可后天发病。由感染或伤害引起的则是非遗传病。小肠细菌过度生长综合征属于非遗传性疾病，病因如下：
其发生主要是由于各种原因所致的胃酸缺乏，肠道运动功能障碍和小肠解剖变异梗阻等，从而导致小肠上端或盲袢细菌过度生长。细菌浓度可高达10CFU/ml，主要为厌氧菌。其主要病理生理变化是小肠吸收不良综合征，其中以脂肪吸收障碍最为明显。
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